Restriction Fragment Length Polymorphism

生物学用語辞典

制限酵素断片多型

同義/類義語：制限酵素断片長多型, 制限断片長多型
英訳・(英)同義/類義語：restriction fragment length polymorphism, RFLP

生物のゲノム構造の多様性を示す目印の一つで、ゲノム中の制限酵素認識部位の配列に個体差があるため、制限酵素切断後に生じる特定配列の長さに集団や個体ごとに差が現れる。個人のDNAの同定などにも利用される。

ウィキペディア

RFLP

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2017/10/22 13:55 UTC 版)

RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism、制限酵素断片長多型）とは、制限酵素によって切断された DNA 断片の長さが、同一種内の個体間で異なる（多型を示す）ことを指し、また転じてそれを検出する手法も意味する。一塩基多型によってこの違いが現れることもある。遺伝病を持つ人と持たない人でこれが異なる場合があり、診断や遺伝病の原因遺伝子の同定に利用される。得られた断片長は、電気泳動によって既知の断片長のDNA（サイズマーカー）と比較して求める。

ゲノムプロジェクトの進行に伴ってPCRに用いるプライマーの設計が容易になったため、現在ではPCRでDNAを増幅し、その反応生成物を制限酵素で切断する手法であるPCR-RFLPが一般的となった。PCR-RFLP以前はヒトを対象とした場合、

1. 生きた細胞の採取
2. 細胞の培養（数日）
3. 比較的高品質なDNAの抽出
4. DNAの切断
5. 電気泳動
6. ブロッティング
7. 放射性同位元素等でラベルしたプローブのハイブリダイズ
8. X線フィルムへの感光・現像

といった手順を踏んだ。一方、PCR-RFLPでは、

1. 比較的粗雑なDNAの採取
2. PCR（2時間程度）
3. DNAの切断
4. 電気泳動
5. 紫外線によるDNAの可視化

と、半日程度で可能となった。

断片長の差で対立遺伝子等を識別する方法

以下にサザンブロッティングを利用した原法を模式的に示す。

個体A
               a                     b         c
               |         2 kb        |   1 kb  |
DNA -----------|---------------------|---------|-------
             SfaN I                SfaN I    SfaN I
                     =========
                   プローブと相補的な領域

個体B
               a                     b         c
               |              3 kb             |
DNA -----------|-------------------------------|-------
             SfaN I                          SfaN I
                     =========
                          

      サザンブロッティングの結果   ↓                 
                                        
         5 kb _____                     
         4 kb _____                     
                                        
         3 kb _____            ______            
                                               
                                              
         2 kb _____   ______                   
                                              
                                               
                                              
         1 kb _____                           
                                        
                                        
         サイズ　      個体A    個体B 
         マーカー                   
                                        
上段: ある生物種2個体のゲノムDNAと制限酵素SfaN Iによる断片長。
         個体Bにはbの位置の制限酵素認識部位が存在しない==はプローブが結合する領域。
下段: サザンブロッティングの結果。個体Aでは2 kbの、個体Bでは3 kbの位置にバンドが見える。
（簡略のため一倍体生物を想定している）