モチーフ検索とは? わかりやすく解説

モチーフ検索

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2019/06/08 02:55 UTC 版)

シーケンスアラインメント」の記事における「モチーフ検索」の解説

モチーフ検索(プロファイル解析とも)はクエリセット内のシーケンスから短い保護モチーフ配列配置することを試みるような全域的な多重配列アラインメント構成する。これはだいたいまず一般多重配列アラインメント全体構成しその後高次保存配列分離されプロファイル行列セット組み立てることで行われる保存領域プロファイル配列スコアリング行列のように配置されるが、大量アミノ酸ヌクレオチドそれぞれの位置保存され領域文字分布というよりももっと一般的な経験的な分布由来するプロファイル行列はそれらを文字列化するモチーフ発生のためのその他のシーケンス検索にも用いられる。元のデータセット少数シーケンス含んでいるまたは高次の関係シーケンスのみであった場合擬似カウント英語版)はモチーフを表す正規化された文字列分布追加される

※この「モチーフ検索」の解説は、「シーケンスアラインメント」の解説の一部です。
「モチーフ検索」を含む「シーケンスアラインメント」の記事については、「シーケンスアラインメント」の概要を参照ください。

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