ドットマトリクス法
出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2019/06/08 02:55 UTC 版)
「シーケンスアラインメント」の記事における「ドットマトリクス法」の解説
ウィキバーシティにDot-matrix methodsに関する学習教材があります。 ドットマトリックス的な手法では、結果として得られるアライメントは各配列内の領域間のアライメントで、多数のアライメントが得られる。考え方としてはシンプルだが、大規模な計算になると時間を要する。ノイズさえなければ、配列間の相同性の点から見て特徴的な領域を目視で容易に判別できる。例えば挿入や、欠失、反復配列、Inverted repeatなどは、二次元ドットマトリックスのプロットから見つけられる。 ドットマトリックスプロットを作図するには、まず二次元の行列の行に片方に一本の配列を割当て、列にもう一本の配列を割り当てる。そして性質の一致する行と列の交差する箇所に点を描画していく。ドットプロットの実装によっては類似性の程度をドットのサイズや濃さで表すものもある。
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