サードパーティーの改良版とツール
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/09/22 01:19 UTC 版)
「AutoDock」の記事における「サードパーティーの改良版とツール」の解説
AutoDockはオープンソースプロジェクトとして、次のようなサードパーティ製の改良版をいくつか取得している： AutoDock Vina (smina) によるスコアリングと最小化は、AutoDock Vinaのフォークであり、スコアリング関数の開発とエネルギー最小化のサポートが強化されている。 Off-Target Pipelineにより、より大きなプロジェクト内でのAutoDockの統合が可能になった。 Consensus Scoring ToolKitは、複数のスコアリング関数を使用したAutoDock Vinaポーズの再スコアリングと、コンセンサス・スコアリング方程式のキャリブレーションを提供する。 VSLABは、VMDから直接 AutoDock を使用することができるようにするVMDプラグインである。このプログラムによって非常に容易にタンパク質-リガンドドッキングを行うことができる。 PyRxはAutoDockでバーチャルスクリーニングを実行するためのすばらしいGUIを提供する。PyRxにはドッキングウィザードが含まれており、これを使ってクラウドやHPCクラスタでAutoDock Vinaを実行できる。 POAPは、シェルスクリプトベースのツールで、リガンドの準備からドッキング後の解析まで、AutoDockによる仮想スクリーニングを自動化する。 VirtualFlowでは、AutoDock Vinaベースのドッキングプログラムを使用して、コンピュータークラスターやクラウド上で超大規模なバーチャルスクリーニングを実行し、数十億種類の化合物を日常的にスクリーニングすることができる。
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