本門宗
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本末寺院（明治18年興門清規）
第一大教区
東京府
- 上行寺[小本寺]（西山本門寺）※神奈川に移転
- 妙縁寺（上条大石寺）
- 常在寺（上条大石寺）
- 常泉寺[中本寺]（上条大石寺）
- 本種坊（上条大石寺）※本行坊と統合
- 本行坊（上条大石寺）※本種坊と統合、後に本行寺になる。
- 妙典寺[小本寺]（下条妙蓮寺）※妙行寺と統合。
- 蓮華寺（北山本門寺）
- 本住寺（北山本門寺）※蓮華寺と統合
- 法輪寺（北山本門寺）
埼玉県
- 妙本寺（上条大石寺）
神奈川県
千葉県
- 保田妙本寺[本山]
- 下之坊（保田妙本寺）※廃坊
- 西之坊（保田妙本寺）※廃坊
- 山本坊（保田妙本寺）※廃坊
- 久圓坊（保田妙本寺）
- 大行寺（保田妙本寺）
- 妙蓮寺（保田妙本寺）
- 妙顕寺（保田妙本寺）
- 遠本寺[小本寺]（保田妙本寺）
- 上行寺（保田妙本寺）※宮崎に移転
- 本乗寺（保田妙本寺）※後に上条大石寺末へ
- 顕徳寺（保田妙本寺）
- 本顕寺（保田妙本寺）※後に上条大石寺末へ
- 本城寺（上条大石寺）
- 福正寺[中本寺]（西山本門寺）
- 真光寺[小本寺]（上条大石寺）
- 好圓坊（上条大石寺）※福島に移転し、後に大華寺と改称
- 高林坊（上条大石寺）※廃坊
- 恵光坊（上条大石寺）※廃坊
- 妙音坊（上条大石寺）※廃坊
茨城県
- 富久成寺（上条大石寺）
- 本證寺（上条大石寺）
栃木県
群馬県
- 本應寺（上条大石寺）
山梨県
- 上行院（西山本門寺）
- 本照寺（北山本門寺）
- 本領院（北山本門寺）※廃寺
- 正法寺（北山本門寺）
- 本妙寺（北山本門寺）
- 有明寺（上条大石寺）
静岡県
- 伊豆實成寺[本山]
- 妙泉寺（伊豆實成寺）
- 本成寺（伊豆實成寺
- 上行院（西山本門寺）
- 光榮寺（西山本門寺）
- 廣宣寺（西山本門寺）
- 蓮正寺（北山本門寺）
- 行蓮寺（伊豆實成寺）
- 蓮慶寺（伊豆實成寺）
- 蓮行寺（北山本門寺）※後に伊豆国分寺と改称
- 上条大石寺[本山]
- 下条妙蓮寺[本山]
- 本正坊（下条妙蓮寺）※廃坊
- 蓮光坊（下条妙蓮寺）
- 心境坊（下条妙蓮寺）
- 本妙坊（下条妙蓮寺）
- 蓮蔵坊（下条妙蓮寺）※廃坊
- 善應坊（下条妙蓮寺）※廃坊
- 法善寺（下条妙蓮寺）
- 妙行寺（下条妙蓮寺）※妙典寺と統合。
- 下之坊（上条大石寺）
- 北山本門寺[本山]
- 行泉坊（北山本門寺）
- 養運坊（北山本門寺）
- 西之坊（北山本門寺）
- 養仙坊（北山本門寺）
- 東陽坊（北山本門寺）
- 蓮行坊（北山本門寺）
- 正林寺（北山本門寺）
- 本妙寺（北山本門寺）
- 西山本門寺[本山]
- 浄圓坊（西山本門寺）
- 大詮坊（西山本門寺）
- 妙圓坊（西山本門寺）
- 本妙寺（西山本門寺）
- 小泉久遠寺[本山]
- 大乗坊（小泉久遠寺）
- 妙圓寺（小泉久遠寺）
- 代立寺（西山本門寺）
- 代世寺（西山本門寺）
- 宗圓寺（北山本門寺）
- 安立寺（西山本門寺）
- 法華寺（北山本門寺）
- 東光寺（北山本門寺）
- 本光寺（北山本門寺）
- 善能寺（西山本門寺）
- 代通寺（西山本門寺）
- 代信寺（西山本門寺）
- 壽命寺（上条大石寺）
- 妙経寺（上条大石寺）※愛知に移転
- 蓮成寺（上条大石寺）
- 本源寺（北山本門寺）
- 福泉寺（北山本門寺）
- 妙善寺（北山本門寺）
- 本國寺（北山本門寺）
- 妙泉寺（北山本門寺）※後に上条大石寺末へ
- 圓蔵寺（小泉久遠寺）
- 長遠寺（小泉久遠寺）
- 忠正寺（下条妙蓮寺）
- 要行寺（上条大石寺）
- 蓮光寺（下条妙蓮寺）
- 久成寺（北山本門寺）
- 妙典寺（北山本門寺）
- 本能寺（北山本門寺）
- 蓮興寺（上条大石寺）
- 本廣寺（上条大石寺）
- 妙光寺（上条大石寺）※東京に移転
- 妙隆寺（北山本門寺）
- 妙盛寺（上条大石寺）
- 妙音寺（京都要法寺）
- 本行寺（北山本門寺）※廃寺
長野県
- 信盛寺（上条大石寺）
愛知県
- 妙道寺（上条大石寺）
- 興道寺（上条大石寺）
第二大教区
岐阜県
- 大雲寺（京都要法寺）
- 本法寺（京都要法寺）
- 正興寺（京都要法寺）
京都府
- 京都要法寺[本山]
- 惠光院（京都要法寺）※山形に移転
- 本行院（京都要法寺）
- 本地院（京都要法寺）
- 真如院（京都要法寺）
- 妙種院（京都要法寺）
- 顕壽院（京都要法寺）※廃寺
- 實成院（京都要法寺）
- 法性院（京都要法寺）
- 信行院（京都要法寺）
- 妙経寺（京都要法寺）※廃寺
- 長圓寺（京都要法寺）※廃寺
- 實報寺（京都要法寺）
- 本経寺（京都要法寺）
- 住本寺[小本寺]（上条大石寺）
- 常徳寺（京都要法寺）
- 長福寺（京都要法寺）
- 妙受寺（京都要法寺）
大阪府
- 蓮興寺[小本寺]（京都要法寺）
- 正福寺（京都要法寺）
- 圓頓寺（京都要法寺）
- 正福寺（京都要法寺）
- 蓮華寺[小本寺]（上条大石寺）
- 源立寺（上条大石寺）
- 壽光寺（西山本門寺）
- 本成寺（京都要法寺）
- 住本寺（京都要法寺）※廃寺
- 本傳寺（上条大石寺）
- 宗仙寺（京都要法寺）※東京に移転
- 本性寺（京都要法寺）
- 上行院（西山本門寺）
- 速成寺（京都要法寺）
兵庫県
- 妙本寺（上条大石寺）
石川県
- 妙喜寺（上条大石寺）
第三大教区
和歌山県
- 本覺寺（北山本門寺）
徳島県
香川県
- 法華寺[中本寺]（北山本門寺）※本門寺に改名、後に上条大石寺末へ
- 中之坊（北山本門寺）
- 西之坊（北山本門寺）
- 奥之坊（北山本門寺）
- 泉要坊（北山本門寺）
- 上之坊（北山本門寺）
- 西山坊（北山本門寺）
- 寶光坊（北山本門寺）※廃坊
- 妙行寺（北山本門寺）※後に上条大石寺末へ
- 福成寺（北山本門寺）※後に上条大石寺末へ
広島県
- 長遠寺（京都要法寺）
鳥取県
- 日香寺（上条大石寺）
島根県
- 妙興寺[小本寺]（京都要法寺）
- 菩提寺（京都要法寺）
- 本妙寺[小本寺]（京都要法寺）
- 通圓寺（京都要法寺）
- 薬師寺（京都要法寺）※後に古平田寺に寺名変更
- 東満寺[小本寺]（京都要法寺）
- 為久寺（京都要法寺）
- 多寶寺（京都要法寺）
- 中林寺（京都要法寺）
- 妙蔵寺（京都要法寺）
- 本壽寺（京都要法寺）
- 妙福寺（京都要法寺）
- 延福寺（京都要法寺）
- 妙傳寺[小本寺]（京都要法寺）
- 浄福寺（京都要法寺）
- 妙蓮寺（京都要法寺）
- 本覺寺（京都要法寺）
- 妙雲寺（京都要法寺）
- 慈眼寺（京都要法寺）
- 祐宗寺（京都要法寺）
- 妙仙寺（京都要法寺）
- 妙行寺（京都要法寺）
- 本住寺（京都要法寺）
- 本要寺（京都要法寺）
- 松久寺（京都要法寺）※廃寺
- 光明寺（京都要法寺）
- 法泉寺（京都要法寺）
- 妙吉寺（京都要法寺）※廃寺
- 成蓮寺（京都要法寺）
- 安養寺[小本寺]（京都要法寺）
- 八槙寺（京都要法寺）
- 妙綱寺（京都要法寺）
- 金言寺（京都要法寺）
- 南枝寺（京都要法寺）
- 法蔵寺[小本寺]（京都要法寺）
- 妙経寺（京都要法寺）※廃寺
- 蓮昌寺（京都要法寺）※廃寺
- 妙船寺（京都要法寺）
- 本経寺（京都要法寺）※大田市大森より大田市大国に移転
- 本法寺（京都要法寺）※埼玉に移転、後に北山本門寺末へ
- 妙蓮寺（京都要法寺）
第四大教区
熊本県
- 本因寺（西山本門寺）
福岡県
- 霑妙寺（上条大石寺）
宮崎県
- 定善寺（保田妙本寺）※後に上条大石寺末
- 本建寺（保田妙本寺）※後に上条大石寺末
- 本善寺（保田妙本寺）※後に上条大石寺末
- 妙國寺（保田妙本寺）
- 本東寺[小本寺]（保田妙本寺）
- 法蔵寺（保田妙本寺）※後に上条大石寺末
- 本照寺（保田妙本寺）※後に上条大石寺末
第五大教区
福島県
- 實成寺[中本寺]（京都要法寺）※後に上条大石寺末へ
- 妙福寺（京都要法寺）※後に上条大石寺末へ
- 願成寺（上条大石寺）
- 満願寺（上条大石寺）
- 本法寺（上条大石寺）
- 佛現寺（京都要法寺）
- 妙蔵寺（京都要法寺）
- 妙泉寺（京都要法寺）
- 東榮寺（京都要法寺）
- 一圓寺[小本寺]（京都要法寺）
- 鶴林寺（京都要法寺）※廃寺
- 蓮昌寺（京都要法寺）
- 本法寺（京都要法寺）
- 蓮浄寺（上条大石寺）
- 法華寺（上条大石寺）
宮城県
- 妙照寺（京都要法寺）※廃寺
- 佛眼寺[小本寺]（京都要法寺）※後に上条大石寺末へ
- 日浄寺（京都要法寺）※後に上条大石寺末へ
- 妙躰寺（上条大石寺）※後に京都要法寺末へ
- 上行寺[小本寺]（上条大石寺）
- 本源寺（上条大石寺）
- 妙教寺（上条大石寺）
- 妙圓寺（上条大石寺）
岩手県
- 感恩寺（上条大石寺）
青森県
- 玄中寺（上条大石寺）
山形県
- 妙圓寺（京都要法寺）
- 妙國寺（京都要法寺）
新潟県
- ^ 『富士年表』, p,398
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