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NCBIのBLAST検索メモ

アプリケーションやWebアプリケーションでNCBIのBLAST 検索APIを使うためのメモ

RIDの取得

CMD=Putを使って RIDを得る。

RIDを得る前に違うQUERYをNCBIに送りつけるのはNG。出入り禁止になる場合も。

オプションなしのもっとも簡単な QUERY

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?QUERY=ACTAGTTAAATTATATT&CMD=Put

HTMLで帰ってくるので、Webブラウザでそのまま見られる。

スクリプトで作業する場合
返ってくるHTMLの中に、

<input name="RID" size="50" type="text" value="4JN6GPFF012" id="rid" />

という行があるのでそこから抽出する。

RIDから結果を取得する

QUERY

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?RID=4JTAPEDH012&FORMAT_TYPE=Text&NCBI_GI=yes&CMD=GET

結果

検索中の場合
検索中の場合は、FORMAT_TYPEにかかわらず、HTMLで返ってくる。スクリプトで処理する場合は、下記コメント文に'Status=WAITING'かどうかで判定できる。

<!--
QBlastInfoBegin
	Status=WAITING
QBlastInfoEnd
-->

検索が終わった場合
(Text フォーマット)
検索が終わっている場合は'Status=READY'を含むコメント文が挿入されている。

XML
スクリプトを使う場合は、FORMAT_TYPE=XML　としてXMLデータを取得した方が料理しやすい。

<p><!--
QBlastInfoBegin
	Status=READY
QBlastInfoEnd
--><p>
BLASTN 2.2.16 [Mar-25-2007]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schﾃ､ffer, 
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman 
(1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of 
protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.

RID: 4JTAPEDH012


Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS,
GSS,environmental samples or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences)
           5,277,753 sequences; 20,664,642,971 total letters
Query=  
Length=33


                                                                   Score     E
Sequences producing significant alignments:                       (Bits)  Value

gi|58530790|dbj|AP008210.1|  Oryza sativa (japonica cultivar-g...  38.2    0.94 
gi|38605828|emb|AL606618.4|OSJN00062  Oryza sativa genomic DNA...  38.2    0.94 
gi|145699202|gb|AC159805.23|  Glycine max clone gmw2-173d12, comp  36.2    3.7  
gi|116310832|emb|CR855219.1|  Oryza sativa genomic DNA, chromo...  36.2    3.7  
gi|113194556|gb|AE013599.4|  Drosophila melanogaster chromosome 2  36.2    3.7  
gi|110835763|gb|AC183810.9|  Glycine max clone gmp1-95h18, comple  36.2    3.7  
gi|20198550|gb|AC084320.10|  Oryza sativa chromosome 3 BAC OSJ...  36.2    3.7  
gi|19745065|gb|AC084091.5|  Homo sapiens chromosome 8, clone CTD-  36.2    3.7  
gi|58530789|dbj|AP008209.1|  Oryza sativa (japonica cultivar-g...  36.2    3.7  
gi|17488703|gb|AC018795.10|  Homo sapiens chromosome 11, clone...  36.2    3.7  
gi|16924133|gb|AC018422.9|  Homo sapiens, clone RP11-19G4, comple  36.2    3.7  
gi|30387664|gb|AC123427.5|  Rattus norvegicus 2 BAC CH230-523K...  36.2    3.7  
gi|30270590|gb|AC120670.8|  Rattus norvegicus 2 BAC CH230-23N2...  36.2    3.7  
gi|15451493|gb|AC007417.5|  Drosophila melanogaster, chromosom...  36.2    3.7  
gi|14670090|gb|AC091123.4|  Oryza sativa chromosome 3 BAC OSJN...  36.2    3.7  
gi|32483023|emb|AL606659.3|OSJN00108  Oryza sativa genomic DNA...  36.2    3.7  
gi|25046391|gb|AC097355.15|  Mus musculus strain C57BL/6J chro...  36.2    3.7  
gi|32482935|emb|AL731630.2|OSJN00273  Oryza sativa genomic DNA...  36.2    3.7  
gi|24940018|emb|AL929137.5|  Mouse DNA sequence from clone RP2...  36.2    3.7  
gi|24580472|gb|AC087207.11|  Homo sapiens chromosome 11, clone...  36.2    3.7  

ALIGNMENTS
>gi|58530790|dbj|AP008210.1| Oryza sativa (japonica cultivar-group) genomic DNA, chromosome 
4
Length=35498469

 Score = 38.2 bits (19),  Expect = 0.94
 Identities = 19/19 (100%), Gaps = 0/19 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  13        TGCATGCTAGTAGCTAGCT  31
                 |||||||||||||||||||
Sbjct  20710591  TGCATGCTAGTAGCTAGCT  20710609


 Score = 36.2 bits (18),  Expect = 3.7
 Identities = 18/18 (100%), Gaps = 0/18 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  3         TATTGGCTGCTGCATGCT  20
                 ||||||||||||||||||
Sbjct  25685996  TATTGGCTGCTGCATGCT  25685979

パラメーター

CMD=PUT

QUERY mandatory(必須)
DATABASE
HITLIST_SIZE
PROGRAM

CMD=GET

FORMAT_TYPE
RID
NCBI_GI

各項目の説明

Descr	Text description of the parameter	パラメータの説明
Values	Allowed values of the parameter	パラメータに許される値
Default	Default value	デフォルト値
Commands	Which commands recognize the parameter	処理コマンド
blastall	Analog of the parameter in NCBI blastall program	NCBI blastallでのパラメータ指定法
blastpgp	Analog of the parameter in NCBI blastpgp program	NCBI blastpgpでのパラメータ指定法

DATABASE

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Doc/node15.html

Descr	Database name
Values	valid database name
Default	nr
Commands	Put
blastall	'-d'

FORMAT_TYPE

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Doc/node27.html

Descr	Type of formatting
Values	HTML, Text, ASN.1, XML
Default	HTML
Commands	Get
blastall	partially '-T'

HITLIST_SIZE

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Doc/node30.html

Descr	Number of hits to keep
Values	integer value
Default	500
Commands	Put
blastall	is max('-v','-b')

PROGRAM

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Doc/node43.html

Descr	Blast program name
Values	blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx
Default	blastn
Commands	Put
blastall	'-p'

RID

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Doc/node50.html

Descr	Request ID
Values	Valid request ID
Default	this is a mandatory field for Get
Commands	Get

NCBI_GI

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Doc/node36.html

Descr	Show NCBI GI
Values	yes, no
Default	no
Commands	Get
blastall	'-I'

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