ESTアセンブラとは? わかりやすく解説

ESTアセンブラ

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2020/04/01 13:55 UTC 版)

配列アセンブリング」の記事における「ESTアセンブラ」の解説

ESTアセンブラはいくつかの点でゲノムアセンブラとは異なる。まず採用されているアルゴリズムゲノム用とEST用では異なり例えゲノム用では大量反復配列対応している必要があるのに対しEST用では対象転写されmRNAであることからその必要がない一方でEST場合には、細胞内はいくつかの遺伝子は常に大量に発現していることが知られており(ハウスキーピング遺伝子)、そういったものがアセンブル対象中に大量に重複して含まれる。 さらに、ゲノム中では遺伝子オーバーラップ起こしていることがあるセンス鎖方向アンチセンス鎖方向など)。このような遺伝子理想的に別々にアセンブルされなければならないESTアセンブルではこの他にも、選択的スプライシングトランススプライシングSNPs一塩基多型)、転写後修飾などを考慮しなければならないため、複雑な計算となっている。

※この「ESTアセンブラ」の解説は、「配列アセンブリング」の解説の一部です。
「ESTアセンブラ」を含む「配列アセンブリング」の記事については、「配列アセンブリング」の概要を参照ください。

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