膜貫通ヘリックスの同定
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2022/03/21 08:49 UTC 版)
「膜貫通型ドメイン」の記事における「膜貫通ヘリックスの同定」の解説
膜貫通ヘリックスは、X線回折によって決定された膜タンパク質の構造に見られる。それらは、疎水性スケール（英語版）に基づいて予測することもできる。脂質二重膜の内部や、構造が知られているほとんどのタンパク質の内部は疎水性であるため、膜をまたぐアミノ酸も疎水性であることが要件であると推定される。ただし、膜輸送体やイオンチャネルは、（一般的に非極性である）膜貫通部内に多数の荷電残基や極性残基を含んでいる。 「疎水性分析（英語版）」を用いて膜貫通ヘリックスを予測すると、タンパク質の「膜貫通トポロジー（英語版）」を予測することができる。つまり、タンパク質のどの部分が細胞内に突き出して、どの部分が外に突き出ていて、タンパク質の鎖が膜を何回横切るかを予測することができる。 膜貫通ヘリックスは、バイオインフォマティクスツールであるTMHMMを用いてin silicoで同定することもできる。
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