新規アセンブルとマッピングによるアセンブル
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2020/04/01 13:55 UTC 版)
「配列アセンブリング」の記事における「新規アセンブルとマッピングによるアセンブル」の解説
配列のアセンブルには大きく分けて2種類の方法がある。 de-novo（デ・ノボ、新規）: 読み取った断片（リードと呼ばれる）をアセンブルして、それまでに未知のゲノム配列の再構築する マッピング: 既存のゲノム配列を背骨に見立てて、それにリードをマッピングしていくやり方。 デ・ノボのアセンブルはマッピングに比べて計算量が大きく、大量のメモリを必要とし計算時間もかかる。これはデ・ノボのアセンブルを行うには全てのリード同士の組み合わせを網羅的に比較する必要があるためであり、その計算量はO(n^2)か、工夫によってO(log(n))になる程度である。
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