リード (生物学)
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/07/23 14:46 UTC 版)
ナビゲーションに移動 検索に移動DNAシーケンシングにおいて、リード（read）とは、ある単一のDNA断片の全体または一部に対応する塩基対（または塩基対の確率）の推定配列である。典型的なシーケンシング実験では、ゲノムは数百万の分子に断片化されてから、サイズ選択およびアダプターとのライゲーションが行われる。この断片の集合はシーケンシングライブラリと呼ばれ、これを配列決定することでリードの集合が生成される [1]。
リード長
生成されるリードの長さはシーケンシング技術によって異なる。長さ20〜40塩基対のリードは、超短鎖（ultra-short）と呼ばれる [2]。一般的なシーケンサーは、100〜500塩基対の範囲の長さのリードを生成する [3]。ただし、 Pacific Biosciencesの装置は約1500塩基対の長さのリードを生成する（2012年現在） [4]。リード長は生物学研究の結果に影響を与える可能性のある要因である [5]。たとえば、リード長が長いほど、 デノボ（de novo）ゲノムアセンブリの解像度や構造変異の検出が改善する。ヒトゲノムを定型的にデノボアセンブリするためには、10万塩基対を超えるリード長が必要になると推定されている [6]。シーケンシングデータを分析するためのバイオインフォマティクスのパイプラインは、通常、リード長を考慮している [7]。
参考文献
- ^ “Sequencing library: what is it?”. Breda Genetics (2016年8月12日). 2017年7月23日閲覧。
- ^ Chaisson, Mark J. (2009). “De novo fragment assembly with short mate-paired reads: Does the read length matter?”. Genome Research 19 (2): 336–346. doi:10.1101/gr.079053.108. PMC: 2652199. PMID 19056694 2017年7月23日閲覧。.
- ^ Junemann, Sebastian (2013). “Updating benchtop sequencing performance comparison”. Nature Biotechnology 31 (4): 294–296. doi:10.1038/nbt.2522. PMID 23563421.
- ^ Quail, Michael A. (2012). “A tale of three next generation sequencing platforms: comparison of Ion Torrent, Pacific Biosciences and Illumina MiSeq sequencers”. BMC Genomics 13 (1): 341. doi:10.1186/1471-2164-13-341. PMC: 3431227. PMID 22827831.
- ^ Chhangawala, Sagar; Rudy, Gabe; Mason, Christopher E.; Rosenfeld, Jeffrey A. (23 June 2015). “The impact of read length on quantification of differentially expressed genes and splice junction detection”. Genome Biology 16 (1): 131. doi:10.1186/s13059-015-0697-y. PMC: 4531809. PMID 26100517.
- ^ Chaisson, Mark J.P. (2015). “Genetic variation and the de novo assembly of human genomes”. Nature Reviews Genetics 16 (11): 627–640. doi:10.1038/nrg3933. PMC: 4745987. PMID 26442640.
- ^ Conesa, Ana; Madrigal, Pedro; Tarazona, Sonia; Gomez-Cabrero, David; Cervera, Alejandra; McPherson, Andrew; Szcześniak, Michał Wojciech; Gaffney, Daniel J. et al. (26 January 2016). “A survey of best practices for RNA-seq data analysis”. Genome Biology 17 (1): 13. doi:10.1186/s13059-016-0881-8. PMC: 4728800. PMID 26813401.
「リード (生物学)」の例文・使い方・用例・文例
- アメリカ大統領選でブッシュがリードしている
- ヤンキースが2点リードしている
- 彼は妻をリードして部屋の中を踊って回った
- ジャイアンツは７回の裏３対２でリードしていた
- 先頭に立つ，リードを奪う
- 20秒リードする
- 彼女は30‐0でリードしていた
- 民主党が序盤から選挙戦をリードした
- わがチームが２点リードだ
- 米国がかなりの分野で世界をリードする
- 彼女の弟は人気ロックバンドのリードギターを演奏している。
- 今日のファッション産業には、ザラ、H&M、ユニクロなど世界をリードする多国籍小売業者が含まれる。
- あなたの用件にあうように今、リードタイムを再検討しています。
- 誰が歌をリードして歌うつもりだったんですか？
- 仕事がうまくいくように彼女は私をリードしてくれる。
- 私はマドリードへ行きたい。
- 私もいつかマドリードに行きたい。
- 私がここまで出来たのは、彼がリードしてくれたおかげです。
- マドリードはサッカーがとても強い
- マドリードはスペインの首都です
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