独立行政法人時代
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2003年(平成15年)10月、独立行政法人化され、2001年(平成13年)にノーベル化学賞を受賞した野依良治を理事長に迎えた。 2005年(平成17年)8月、「感染症研究ネットワーク支援センター」発足。 2012年(平成24年)9月、計算科学研究機構のスーパーコンピュータ「京」運用開始。
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