長編漫画原作
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※（）内の年はその漫画の単行本が刊行された年ではなく、連載されていた年で統一されている（『贖いの聖者』は書き下ろしのため単行本の刊行年）。※幾つかの作品には共通のキャラクター（大江公彦、笹山徹、犬彦、スパイMなど）が登場する。※大塚自身は代表作として『北神伝綺』『木島日記』『八雲百怪』の三部作を挙げている。 魍魎戦記MADARA 全5巻（作画：田島昭宇、1987年〜1990年） 魍魎戦記MADARA 転生編 全1巻（作画：田島昭宇、1990年〜1991年）-マンガ版では未完だが、2003年に小説『僕は天使の羽根を踏まない』が刊行され、小説の形で物語は完結した。 魍魎戦記MADARA摩陀羅弐 全3巻（作画：田島昭宇、1990年〜1992年） 贖いの聖者 全1巻（作画：白倉由美、1991年） 幼稚園戦記まだら 全5巻（作画：義見依久、1992年〜1996年） 魍魎戦記MADARA赤 全3巻（作画：田島昭宇、1992年〜1994年） 聖痕のジョカ 全5巻（作画：相川有、1993年〜1995年） 東京ミカエル 上下（作画：堤芳貞、1993年1月〜同年10月、2000年） JAPAN 全3巻（作画：伊藤真美、1993年4月〜1994年10月、第一部完） MADARA青 全5巻（作画：花津美子、1993年〜1997年） 芙蓉姫退屈記 全2巻（作画：義見依久、1994年〜1996年） 戦国群笑伝 少年忍者バサラくん 全3巻（作画：義見依久、1994年〜1997年） 北神伝綺 上下（作画：森美夏、1994年〜1996年?） MADARA影 全1巻（作画：高橋明 、1994年〜1995年、未完） MADARA四神篇 全1巻（作画：星樹、 1994年頃） - 台湾のコミック誌『FIRST』に連載された。 新・聖痕のジョカ 全5巻（作画：相川有、1995年〜1997年） 機械生物都市ノーランド 全3巻（作画：高橋明 、1996年〜1997年） イイナ 〜Feel for Love〜 上下（作画：成瀬かおり、1997年〜1998年） - 原作者としてのクレジット表記は「S-nery Angel」 多重人格探偵サイコ 全24巻（作画：田島昭宇、1997年〜2016年） 木島日記 上中下（作画：森美夏、1998年〜2003年） -マンガ版では未完だが、2017年に小説『木島日記 もどき開口』が刊行され、小説の形で物語は完結した。 超鉄大帝テスラ 上下（作画：大野安之、1998年〜1999年、第一部完） 口裂け少女さっちゃん 全2巻（作画：大橋薫、1999年〜2000年） リヴァイアサン 全12巻（作画：衣谷遊、1999年〜2005年） 黒鷺死体宅配便 1〜28巻（作画：山崎峰水、2000年〜） - 『ヤングエース』にて連載中 多重人格探偵サイチョコ 全4巻（作画：ひらりん、2001年〜2010年） くもはち。（作画：西島大介、2003年〜2005年） - 大塚は「原案」としてクレジットされている 探偵儀式 全6巻（原作：清涼院流水、作画：箸井地図、2003年〜2009年） アンラッキーヤングメン 全2巻（作画：藤原カムイ、2004年〜2006年） オクタゴニアン 1巻（作画：杉浦守、2004年〜2005年、未完） 八雲百怪 全5巻（作画：森美夏、2005年〜2021年） くもはち 全1巻（作画：山崎峰水、2005年） 東京事件 1〜2巻（作画：菅野博之、2005年〜2008年、未完） 松岡國男妖怪退治 1〜4巻（作画：山崎峰水、2006年〜）- 『黒鷺死体宅配便』のスピンオフ作品 逆走少女 全2巻（脚本：久保田浩康、作画：ともぞカヲル、2007年〜2008年） とでんか 全7巻（作画：樹生ナト、2007年〜2013年） 三つ目の夢二 全2巻（作画：ひらりん、2008年〜2010年、第一部完） 死舞能 1巻（作画：谷岡曜子、2011年〜未完） とでんか少年探偵団 全1巻（作画：樹生ナト、2011年〜2012年）- 『とでんか』のスピンオフ作品 まんがでわかる物語の学校 全1巻（作画：野口克洋、2012年〜2013年）- 大塚は「構成」としてクレジットされている 恋する民俗学者 全２巻（作画：中島千晴、2013年〜2019年）2014年5月に角川コミックス・エースより第1巻のみ刊行。その後、2016年4月から2019年9月に『コミックウォーカー』に連載され、2021年3月に角川コミックス・エースの既刊分と『コミックウォーカー』連載分をまとめた上で大幅に加筆修正して再構成し、第1巻「柳田國男編」・第2巻「田山花袋編」として全2巻でKADOKAWAより刊行された。 クウデタア 全1巻(作画：西川聖蘭、2015年〜2016年)2015年4月に前半部分が『アンラッキーヤングメン クウデタア』（イースト・プレス）として書き下ろしで刊行。その後、後半部分が2015年8月から2016年7月に『コミックウォーカー』に連載され、2017年10月に前半部分と後半部分をまとめて『クウデタア 完全版』（角川書店）として全1巻で刊行された。 まんがでわかるまんがの歴史 全1巻（作画：ひらりん、2015年5月〜2017年9月) アライアズキ、今宵も小豆を洗う。全3巻（作画：山崎峰水、2015年〜2017年）- 『黒鷺死体宅配便』のスピンオフ作品 ぼくとぬえちゃんの百一鬼夜行 全3巻（作画：樹生ナト、2015年〜2017年） 東京オルタナティヴ（作画：西川聖蘭、2017年9月〜） - 『ヤングエース』連載中 まんがでわかるまんがの描き方（作画：砂威、カリキュラム構成：浅野龍哉、2017年11月〜） - 『ヤングエース』連載中 くだんのピストル（作画：山崎峰水、2021年1月〜） - 『ヤングエース』連載中
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