Galaxy (計算生物学)
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/07/01 08:46 UTC 版)
Galaxy [2]は、プログラミング (コンピュータ)やシステムアドミニストレータ分野が未経験の研究者を対象とした、計算生物学の理解に役立つデジタルアーカイブプラットフォームである。[3][4]当初はゲノミクス研究のために開発されたが、現在は主にバイオインフォマティクスワークフロー管理システムとして使用されている。[5]
- ^ https://galaxyproject.org/admin/license/
- ^ Afgan, E.; Baker, D.; van den Beek, M.; Blankenberg, D.; Bouvier, D.; Čech, M.; Chilton, J.; Clements, D.; Coraor, N.; Eberhard, C.; Grüning, B.; Guerler, A.; Hillman-Jackson, J.; Von Kuster, G.; Rasche, E.; Soranzo, N.; Turaga, N.; Taylor, J.; Nekrutenko, A.; Goecks, J. (8 July 2016). "The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2016 update". Nucleic Acids Research. 44 (W1): W3–W10. doi:10.1093/nar/gkw343. PMC 4987906. PMID 27137889。
- ^ Blankenberg, D.; Taylor, J.; Nekrutenko, A.; The Galaxy, T. (2011). “Making whole genome multiple alignments usable for biologists”. Bioinformatics 27 (17): 2426–8. doi:10.1093/bioinformatics/btr398. PMC: 3157923. PMID 21775304.
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- ^ “Looping”. The Taverna Knowledge Blog. knowledgeblog.org (2010年12月13日). 2015年1月28日閲覧。
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- ^ https://galaxyproject.org/galaxy-team
- ^ Lazarus, R.; Taylor, J.; Qiu, W.; Nekrutenko, A. (2008). “Toward the commoditization of translational genomic research: Design and implementation features of the Galaxy genomic workbench”. Summit on translational bioinformatics 2008: 56–60. PMC: 3041519. PMID 21347127.
- ^ Blankenberg, Daniel; Von Kuster, Gregory; Bouvier, Emil; Baker, Dannon; Afgan, Enis; Stoler, Nicholas; Taylor, James; Nekrutenko, Anton (2014). “Dissemination of scientific software with Galaxy ToolShed”. Genome Biology 15 (2): 403. doi:10.1186/gb4161. PMID 25001293.
- ^ Sheynkman, GM; Johnson, JE; Jagtap, PD; Shortreed, MR; Onsongo, G; Frey, BL; Griffin, TJ; Smith, LM (22 August 2014). “Using Galaxy-P to leverage RNA-Seq for the discovery of novel protein variations.”. BMC Genomics 15 (703). doi:10.1186/1471-2164-15-703. PMID 25149441.
- ^ https://galaxyproject.org/mailing-lists
- ^ https://galaxyproject.org/
- ^ https://galaxyproject.org/events
[続きの解説]
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- 2 Galaxy (計算生物学)の概要
- 3 コミュニティ
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