CRISPR メカニズム

CRISPR

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2022/11/07 20:30 UTC 版)

メカニズム

CRISPRシステムのメカニズムの概要[40]

外来DNAはcas遺伝子群のいずれかにコードされているタンパク質によって30塩基対ほどの長さに分断され、それがCRISPR座位に何らかの方法で挿入されることで免疫記憶として機能する[41]。CRISPR座位は普段からRNAが転写されており、Casタンパク質によって各々外来配列を含む小さなRNA (crRNA) に分断されている。このRNAは、別のCasタンパク質を外来DNA(またはそれに由来するRNA)に導き、真核生物のRNAiに類似した機構でその機能を抑制する[40][48]。真核生物のRNAiと原核生物のCRIPSPR/CasシステムはどちらもRNAによる外来遺伝子の抑制機構であるが、反応に関わる酵素機構や二本鎖RNAの開裂の有無、塩基長などから明確に区別される[40]

サブタイプによって機能的にも多様化していると考えられている。EcoliサブタイプのCasタンパク質群はCascadeとよばれる複合体を形成し、RNA産物をスペーサーとリピートからなる単位へ分断して複合体に取り込む[49]Pyrococcus属ではエンドリボヌクレアーゼであるCas6がRNAを分断している[40]。大腸菌において、CRISPRによるファージの不活化にはCascadeとCas3が必要であるが、Cas1とCas2は必要でない。

このように、CRISPR/Casシステムは外来遺伝子に対する免疫機構として研究されてきたが、前述の通りCRISPRの中には自己の配列を標的としたスペーサーが存在していることも明らかになっている。この自己標的型のCRISPRは自己免疫反応に関わると推測されてきたが[45]野兎病菌の別種であるFrancisella novicidaのCas9が小型CRISPR関連RNA (smal CRISPR-associated RNA; scaRNA)と名付けられた小型のRNAと共に複合体を形成し、内在性の遺伝子発現を調節しているという報告もあり、自己標的型のCRISPRが内在性の遺伝子調節に関与している可能性も指摘されている[50]


注釈

  1. ^ ゲノム編集技術のこと。従来の遺伝子改変生物の作製法はランダムな変異によるものや、ES細胞の相同組換えによる標的遺伝子の改変に限られており、いずれも効率の低い方法であった。近年のZFNやTALENなどの人工制限酵素の開発により、ゲノム上の標的遺伝子の改変が容易になりつつある[53]en:genome engineering参照。

参考文献

  1. ^ 71/79 Archaea, 463/1008 Bacteria CRISPRdb, Date: 19.6.2010
  2. ^ Grissa I, Vergnaud G, Pourcel C (2007). “The CRISPRdb database and tools to display CRISPRs and to generate dictionaries of spacers and repeats”. BMC Bioinformatics 8: 172. doi:10.1186/1471-2105-8-172. PMC 1892036. PMID 17521438. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1892036/. 
  3. ^ a b Barrangou R, Fremaux C, Deveau H, et al. (March 2007). “CRISPR provides acquired resistance against viruses in prokaryotes”. Science 315 (5819): 1709–12. doi:10.1126/science.1138140. PMID 17379808. 
  4. ^ Marraffini LA, Sontheimer EJ (December 2008). “CRISPR Interference Limits Horizontal Gene Transfer in Staphylococci by Targeting DNA”. Science 322 (5909): 1843–5. doi:10.1126/science.1165771. PMC 2695655. PMID 19095942. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2695655/. 
  5. ^ Ishino Y, Shinagawa H, Makino K, Amemura M, Nakata A (1987). “Nucleotide sequence of the iap gene, responsible for alkaline phosphatase isozyme conversion in Escherichia coli, and identification of the gene product”. J Bacteriol 169 (12): 5429–33. PMC 213968. PMID 3316184. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC213968/. 
  6. ^ Mojica FJM, Díez-Villaseñor C, Soria E, Juez G (2000). “Biological significance of a family of regularly spaced repeats in the genomes of Archaea, Bacteria and mitochondria”. Mol Microbiol 36 (1): 244–6. doi:10.1046/j.1365-2958.2000.01838.x. PMID 10760181. 
  7. ^ a b Jansen R, Embden JD, Gaastra W, Schouls LM (2002). “Identification of genes that are associated with DNA repeats in prokaryotes”. Mol Microbiol 43 (6): 1565–75. doi:10.1046/j.1365-2958.2002.02839.x. PMID 11952905. 
  8. ^ a b Mojica FJ, Díez-Villaseñor C, García-Martínez J, Soria E (February 2005). “Intervening sequences of regularly spaced prokaryotic repeats derive from foreign genetic elements”. J. Mol. Evol. 60 (2): 174–82. doi:10.1007/s00239-004-0046-3. PMID 15791728. 
  9. ^ a b Bolotin A, Quinquis B, Sorokin A, Ehrlich SD (August 2005). “Clustered regularly interspaced short palindrome repeats (CRISPRs) have spacers of extrachromosomal origin”. Microbiology (Reading, Engl.) 151 (Pt 8): 2551–61. doi:10.1099/mic.0.28048-0. PMID 16079334. 
  10. ^ a b Pourcel C, Salvignol G, Vergnaud G (2005). “CRISPR elements in Yersinia pestis acquire new repeats by preferential uptake of bacteriophage DNA, and provide additional tools for evolutionary studies”. Microbiology 151 (Pt 3): 653–63. doi:10.1099/mic.0.27437-0. PMID 15758212. 
  11. ^ a b Jinek, M; Chylinski K, Fonfara I, Hauer M, Doudna JA, Charpentier E. (2012). “A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity”. Science. PMID 22745249. 
  12. ^ a b Cong, Le; Ran FA, Cox D, Lin S, Barretto R, Habib N, Hsu PD, Wu X, Jiang W, Marraffini LA, Zhang F. (2013). “Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems.”. Science. PMID 23287718. 
  13. ^ Adli, Mazhar (2018). “The CRISPR tool kit for genome editing and beyond”. Nature Communications 9 (1). doi:10.1038/s41467-018-04252-2. ISSN 2041-1723. 
  14. ^ a b Gootenberg, Jonathan S.; Abudayyeh, Omar O.; Lee, Jeong Wook; Essletzbichler, Patrick; Dy, Aaron J.; Joung, Julia; Verdine, Vanessa; Donghia, Nina et al. (2017). “Nucleic acid detection with CRISPR-Cas13a/C2c2”. Science 356 (6336): 438–442. doi:10.1126/science.aam9321. ISSN 0036-8075. 
  15. ^ ノーベル化学賞に米仏の女性2氏 ゲノム編集技術を開発:朝日新聞デジタル” (日本語). 朝日新聞デジタル. 2021年11月6日閲覧。
  16. ^ 2020年ノーベル化学賞、仏米の女性研究者2氏に ゲノム編集技術研究” (日本語). www.afpbb.com. 2021年11月6日閲覧。
  17. ^ “Cpf1 Is a Single RNA-Guided Endonuclease of a Class 2 CRISPR-Cas System” (英語). Cell 163 (3): 759–771. (2015-10-22). doi:10.1016/j.cell.2015.09.038. ISSN 0092-8674. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867415012003. 
  18. ^ Abudayyeh, Omar O.; Gootenberg, Jonathan S.; Konermann, Silvana; Joung, Julia; Slaymaker, Ian M.; Cox, David B. T.; Shmakov, Sergey; Makarova, Kira S. et al. (2016-08-05). “C2c2 is a single-component programmable RNA-guided RNA-targeting CRISPR effector” (英語). Science 353 (6299). doi:10.1126/science.aaf5573. ISSN 0036-8075. PMID 27256883. https://science.sciencemag.org/content/353/6299/aaf5573. 
  19. ^ 阿部裕 (2020年11月). “[https://www.mitsui.com/mgssi/ja/report/detail/__icsFiles/afieldfile/2020/11/10/2011pm_abe.pdf CRISPRフリーのゲノム編集時代の幕開け ―ゲノム編集技術の展開―]”. 三井物産戦略研究所. p. 6. 2021年11月7日閲覧。
  20. ^ Myhrvold, Cameron; Freije, Catherine A.; Gootenberg, Jonathan S.; Abudayyeh, Omar O.; Metsky, Hayden C.; Durbin, Ann F.; Kellner, Max J.; Tan, Amanda L. et al. (2018-04-27). “Field-deployable viral diagnostics using CRISPR-Cas13”. Science (New York, N.Y.) 360 (6387): 444–448. doi:10.1126/science.aas8836. ISSN 1095-9203. PMC 6197056. PMID 29700266. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29700266/. 
  21. ^ Freije, Catherine A.; Myhrvold, Cameron; Boehm, Chloe K.; Lin, Aaron E.; Welch, Nicole L.; Carter, Amber; Metsky, Hayden C.; Luo, Cynthia Y. et al. (2019-12-05). “Programmable Inhibition and Detection of RNA Viruses Using Cas13”. Molecular Cell 76 (5): 826–837.e11. doi:10.1016/j.molcel.2019.09.013. ISSN 1097-4164. PMC 7422627. PMID 31607545. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31607545/. 
  22. ^ 氣駕恒太朗. “【演題 4】バクテリオファージを用いた疾患治療法の開発”. 公益財団法人千里ライフサイエンス振興財団. 2021年11月7日閲覧。
  23. ^ 狙った細菌を選択的に殺菌できる遺伝子標的型抗菌薬を創出―薬剤耐性菌問題の解決へ― | 国立研究開発法人日本医療研究開発機構” (日本語). www.amed.go.jp. 2021年11月6日閲覧。
  24. ^ Kiga, Kotaro; Tan, Xin-Ee; Ibarra-Chávez, Rodrigo; Watanabe, Shinya; Aiba, Yoshifumi; Sato’o, Yusuke; Li, Feng-Yu; Sasahara, Teppei et al. (2020-06-10). “Development of CRISPR-Cas13a-based antimicrobials capable of sequence-specific killing of target bacteria” (英語). Nature Communications 11 (1): 2934. doi:10.1038/s41467-020-16731-6. ISSN 2041-1723. https://www.nature.com/articles/s41467-020-16731-6. 
  25. ^ 田中真二. “令和元年度学術研究動向等に関する調査研究 報告概要(医歯薬学専門調査班)”. 日本学術振興会. p. 2. 2021年11月7日閲覧。
  26. ^ Shihong Gao, David; Zhu, Xiaodong; Lu, Binfeng (2021-07). “Development and application of sensitive, specific, and rapid CRISPR-Cas13-based diagnosis”. Journal of Medical Virology 93 (7): 4198–4204. doi:10.1002/jmv.26889. ISSN 1096-9071. PMC 8014745. PMID 33599292. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33599292/. 
  27. ^ a b Shinoda, Hajime; Taguchi, Yuya; Nakagawa, Ryoya; Makino, Asami; Okazaki, Sae; Nakano, Masahiro; Muramoto, Yukiko; Takahashi, Chiharu et al. (2021-04-19). “Amplification-free RNA detection with CRISPR–Cas13” (英語). Communications Biology 4 (1): 1–7. doi:10.1038/s42003-021-02001-8. ISSN 2399-3642. https://www.nature.com/articles/s42003-021-02001-8. 
  28. ^ 新型コロナウイルスの超高感度・世界最速検出技術を開発” (日本語). www.riken.jp. 2021年11月6日閲覧。
  29. ^ 【新型コロナ】新型コロナウイルスを5分以内に検出 超高感度・世界最速で検出する革新的技術を開発 理研・東京大・京都大” (日本語). 糖尿病リソースガイド. 2021年11月6日閲覧。
  30. ^ 新型コロナウイルスの超高感度・世界最速検出技術を開発-汎用的な感染症診断技術としての応用展開に期待-”. 科学技術振興機構. 2021年11月7日閲覧。
  31. ^ Yoshimi, Kazuto; Takeshita, Kohei; Yamayoshi, Seiya; Shibumura, Satomi; Yamauchi, Yuko; Yamamoto, Masaki; Yotsuyanagi, Hiroshi; Kawaoka, Yoshihiro et al. (2020-06-02) (英語). Rapid and accurate detection of novel coronavirus SARS-CoV-2 using CRISPR-Cas3. pp. 2020.06.02.20119875. doi:10.1101/2020.06.02.20119875v1. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.06.02.20119875v1. 
  32. ^ 日経バイオテクONLINE. “東大医科研、国産ゲノム編集技術で迅速安価なコロナ検出法を開発” (日本語). 日経バイオテクONLINE. 2021年11月6日閲覧。
  33. ^ 真下知士. “ゲノム編集治療とCRISPR診断薬の開発研究”. ゲノム編集 2020. フナコシ株式会社. 2021年11月7日閲覧。
  34. ^ 日経バイオテクONLINE. “米Sherlock社、ゲノム編集技術用いた新型コロナの診断薬が緊急使用許可” (日本語). 日経バイオテクONLINE. 2021年11月6日閲覧。
  35. ^ 日経バイオテクONLINE. “米Mammoth社と英GSK社、CRISPR技術用いた新型コロナの迅速診断検査を共同開発” (日本語). 日経バイオテクONLINE. 2021年11月6日閲覧。
  36. ^ SARS-CoV-2 DETECTR Reagent Kit - Letter of Authorization”. FDA (2020年8月31日). 2021年11月7日閲覧。
  37. ^ “[https://www.fda.gov/media/139937/download ACCELERATED EMERGENCY USE AUTHORIZATION (EUA) SUMMARY SARS-COV-2 RNA DETECTR ASSAY (UCSF Health Clinical Laboratories, UCSF Clinical Labs at China Basin)]”. FDA. 2021年11月7日閲覧。
  38. ^ FDA Grants EUAs for MiraDx, Mammoth Biosciences, BayCare Laboratories Molecular Coronavirus Tests” (英語). Genomeweb (2020年9月2日). 2021年11月6日閲覧。
  39. ^ FDA Grants EUAs for Mammoth Biosciences Coronavirus Tests | IPIRA”. ipira.berkeley.edu. 2021年11月6日閲覧。
  40. ^ a b c d e Horvath P, Barrangou R (January 2010). “CRISPR/Cas, the immune system of bacteria and archaea”. Science 327 (5962): 167–70. doi:10.1126/science.1179555. PMID 20056882. 
  41. ^ a b Marraffini LA, Sontheimer EJ (February 2010). “CRISPR interference: RNA-directed adaptive immunity in bacteria and archaea”. Nat Rev Genet 11 (3): 181–190. doi:10.1038/nrg2749. PMC 2928866. PMID 20125085. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2928866/. 
  42. ^ “CRISPR-Casシステムの構造と機能”. 生物物理 54 (5): 247–252. (2014). doi:10.2142/biophys.54.247. ISSN 0582-4052. https://doi.org/10.2142/biophys.54.247. 
  43. ^ a b c d Haft DH, Selengut J, Mongodin EF, Nelson KE (2005). “A Guild of 45 CRISPR-Associated (Cas) Protein Families and Multiple CRISPR/Cas Subtypes Exist in Prokaryotic Genomes”. PLoS Comput Biol. 1 (6): e60. doi:10.1371/journal.pcbi.0010060. PMC 1282333. PMID 16292354. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1282333/. 
  44. ^ Kunin V, Sorek R, Hugenholtz P (2007). “Evolutionary conservation of sequence and secondary structures in CRISPR repeats”. Genome Biol 8 (4): R61. doi:10.1186/gb-2007-8-4-r61. PMC 1896005. PMID 17442114. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1896005/. 
  45. ^ a b Stern A, Keren L, Wurtzel O, Amitai G, Sorek R (August 2010). “Self-targeting by CRISPR: gene regulation or autoimmunity?”. Trends Genet. 26 (8): 335–40. doi:10.1016/j.tig.2010.05.008. PMC 2910793. PMID 20598393. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2910793/. 
  46. ^ Tyson GW, Banfield JF (January 2008). “Rapidly evolving CRISPRs implicated in acquired resistance of microorganisms to viruses”. Environ. Microbiol. 10 (1): 200–7. doi:10.1111/j.1462-2920.2007.01444.x. PMID 17894817. 
  47. ^ Makarova, Kira S.; Haft, Daniel H.; Barrangou, Rodolphe; Brouns, Stan J. J.; Charpentier, Emmanuelle; Horvath, Philippe; Moineau, Sylvain; Mojica, Francisco J. M. et al. (2011-6). “Evolution and classification of the CRISPR–Cas systems” (英語). Nature Reviews Microbiology 9 (6): 467–477. doi:10.1038/nrmicro2577. ISSN 1740-1526. http://www.nature.com/articles/nrmicro2577. 
  48. ^ Makarova KS, Grishin NV, Shabalina SA, Wolf YI, Koonin EV (2006). “A putative RNA-interference-based immune system in prokaryotes: computational analysis of the predicted enzymatic machinery, functional analogies with eukaryotic RNAi, and hypothetical mechanisms of action”. Biol Direct 1: 7. doi:10.1186/1745-6150-1-7. PMC 1462988. PMID 16545108. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1462988/. 
  49. ^ Brouns SJ, Jore MM, Lundgren M, et al. (August 2008). “Small CRISPR RNAs guide antiviral defense in prokaryotes”. Science 321 (5891): 960–4. doi:10.1126/science.1159689. PMID 18703739. 
  50. ^ Timothy R. Sampson, Sunil D. Saroj, Anna C. Llewellyn, Yih-Ling Tzeng & David S. Weiss (2013). “A CRISPR/Cas system mediates bacterial innate immune evasion and virulence”. Nature 497: 254-257. PMID 23584588. 
  51. ^ Koonin EV, Wolf YI (2009). “Is evolution Darwinian or/and Lamarckian?”. Biol Direct 4: 42. doi:10.1186/1745-6150-4-42. PMC 2781790. PMID 19906303. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2781790/. 
  52. ^ Sorek R, Kunin V, Hugenholtz P (2008). “CRISPR--a widespread system that provides acquired resistance against phages in bacteria and archaea”. Nat Rev Microbiol 6 (3): 181–6. doi:10.1038/nrmicro1793. PMID 18157154. 
  53. ^ TALエフェクターヌクレアーゼ(TALEN)を用いた効率的な遺伝子改変ラットの作製技術”. 2013年6月29日閲覧。
  54. ^ Mali, P; Yang L, Esvelt KM, Aach J, Guell M, DiCarlo JE, Norville JE, Church GM. (2013). “RNA-guided human genome engineering via Cas9.”. Science. PMID 23287722. 


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