L-リブロース-5-リン酸-4-エピメラーゼ
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2015/01/21 06:38 UTC 版)
生物学的機能
L-リブロース-5-リン酸-4-エピメラーゼは、よく研究されたL-アラビノースオペロンに位置する。このオペロンは、araAからaraHの8つの遺伝子から構成され、L-リブロース-5-リン酸-4-エピメラーゼの遺伝子はaraDと呼ばれる。このアラビノース系により、ペントースであるL-アラビノースの取り込みが可能となり、araB、araA、araDの3つの遺伝子の産物による3段階の反応で、分子間アラビノースがD-キシルロース-5-リン酸に変換される。
| 遺伝子 | タンパク質 |
|---|---|
| AraA | イソメラーゼ |
| AraB | リブロキナーゼ |
| AraC | 制御 |
| AraD | エピメラーゼ |
| AraE | 摂取 |
| AraF | 摂取 |
| AraG | 摂取 |
| AraH | 摂取 |
進化
L-リブロース-5-リン酸-4-エピメラーゼとL-フクロース-リン酸アルドラーゼは進化的に関係のある酵素で、配列の26%が相同であり、構造の類似性も非常に高い[2]。どちらも触媒作用中のエノラートの安定のために二価の陽イオンを用い、またどちらもホスホケトースのC-4位のヒドロキシル基を脱プロトン化することができる。これらの多くの類似性にも関わらず、微細な違いが存在するため、異なった反応を触媒する[5]。
関連文献
- BURMA DP, HORECKER BL (1958). "Pentose Fermentation by Lactobacillus Plantarum: IV. L-Ribulose-5-phosphate 4-Epimerase". J. Biol. Chem. 231 (2): 1053–64. PMID 13539036.
- Deupree JD; Wood WA (1970). "L-Ribulose 5-phosphate 4-epimerase of Aerobacter aerogenes. Evidence for nicotinamide adenine dinucleotide-independent 4-epimerization by the crystalline enzyme". J. Biol. Chem. 245 (15): 3988–95. PMID 4395381.
- Lee N, Patrick JW, Masson M (1968). "Crystalline L-ribulose 5-phosphate 4-epimerase from Escherichia coli". J. Biol. Chem. 243 (18): 4700–5. PMID 4879898.
- WOLIN MJ, SIMPSON FJ, WOOD WA (1958). "Degradation of L-arabinose by Aerobacter aerogenes. III Identification and properties of L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase". J. Biol. Chem. 232 (1): 559–75. PMID 13549442.
- ^ Englesberg, E.; R.L. Anderson, R. Weinberg (29 January 1962). "L-Arabinose-Sensitive, L-Ribulose 5-phosphate 4-Epimerase-Deficient Mutants of Escherichia coli". Journal of Bacteriology 84 (137). Retrieved 17 May 2011.
- ^ a b c d Yu, Luo; Jomy Samuel; Steven C Mosimann; Jeffrey E Lee; Martin E Tanner; Natalie CJ Strynadka (2001). "The Structure of Ribulose-5-Phosphate 4-Epimerase: An Aldolase-like Platform for Epimerization". Biochemistry (40): 14763–14771. doi:10.1021/bi0112513. PMID 11732895. Retrieved 16 May 2011.
- ^ a b c d Lee LV, Vu MV, Cleland WW (April 2000). "13C and deuterium isotope effects suggest an aldol cleavage mechanism for L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase". Biochemistry 39 (16): 4808–20. doi:10.1021/bi992894+. PMID 10769138.
- ^ Andersson, Arnold; Gunter Schneider (15 May 1995). "Purification and preliminary X-ray crystallographic studies of recombinant ~-ribulose-5-phosphate 4-epimerase from Escherichia coli". Protein Science 4 (12): 1648–1650. doi:10.1002/pro.5560040823. PMC 2143197. PMID 8520491.
- ^ Samuel, Jomy; Yu Luo; Paul M Morgan; Natalie CJ Strynadka; Martin E Tanner (9 November 2001). "Catalysis and binding in L-Ribulose 5-Phosphate 4-Epimerase: A Comparison with L-Fuculose Phosphate Aldolase". Biochemistry 40 (49): 14772–14780. doi:10.1021/bi011252v. PMID 11732896. Retrieved 17 May 2011.
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