遺伝子命名法遺伝子命名法の概要

命名法ガイドライン

特定生物リソース

HUGO遺伝子命名法委員会 (HGNC) はヒト遺伝子命名ガイドラインに責任をもち、新しく独特なヒト遺伝子名と遺伝子シンボル（短い略語）の認可を行う。ヒト以外の種では、モデル生物データベースがガイドラインとバイオキュレーターや命名法委員会への問い合わせリソースを含んだ、中心的リポジトリとなっている。種ごとのデータベースに加え、認可された遺伝子名と遺伝子シンボルはNCBIのデータベースEntrez Geneでも調べることができる。

無脊椎動物

キイロショウジョウバエ (Drosophila melanogaster): Genetic nomenclature for Drosophila melanogaster at Flybase.
線虫 (Caenorhabditis elegans): Genetic Nomenclature for Caenorhabditis elegans^{[リンク切れ]}.

植物

トウモロコシ ( Zea mays): A Standard For Maize Genetics Nomenclature at MaizeGDB.
シロイヌナズナ (Arabidopsis thaliana): Arabidopsis Nomenclature at The Arabidopsis Information Resource (TAIR).

Slime molds

Dictyostelid (Dictyostelium discoideum): Nomenclature Guidelines at dictyBase.

脊椎動物

ヒト (Homo sapiens): Guidelines for Human Gene Nomenclature.
マウス (Mus musculus)と ラット (Rattus norvegicus): Rules for Nomenclature of Genes, Genetic Markers, Alleles, and Mutations in Mouse and Rat at Mouse Genome Informatics (MGI).
アフリカツメガエル (Xenopus laevis )とネッタイツメガエル (Xenopus tropicalis ): Suggested Xenopus Gene Name Guidelines at Xenbase.
ゼブラフィッシュ (Danio rerio): Zebrafish Nomenclature Guidelines at the Zebrafish Model Organism Database (ZFIN).

酵母

出芽酵母（パン酵母、Saccharomyces cerevisiae）: SGD Gene Naming Guidelines at Saccharomyces Genome Database.
カンジダ (Candida albicans): C. albicans Gene Nomenclature Guide at Candida Genome Database (CGD).
分裂酵母 (Schizosaccharomyces pombe): Gene Naming Guidelines.

脊椎動物遺伝子シンボルの書式

遺伝子シンボル表記例（*sonic hedgehog*遺伝子）
種	遺伝子シンボル	タンパク質シンボル
Homo sapiens	SHH	SHH
Mus musculus, Rattus norvegicus	Shh	SHH
Xenopus laevis, X. tropicalis	shh	Shh
Danio rerio	shh	Shh

脊椎動物モデル生物の研究コミュニティは、次の各生物種の遺伝子について、可能な限り、ヒトのオーソログと同じ名前となるよう、ガイドラインを制定した。生物種名を表す接頭辞（ゼブラフィッシュの"Z"など）は推奨されない。印刷時の遺伝子シンボルとタンパク質シンボルの表記方法については、生物種ごとに異なる。

ヒト

一般に、遺伝子シンボルは全て大文字のイタリック（斜体）（sonic hedgehogならSHH）で表す。遺伝子カタログではイタリックにしないこともある。タンパク質名は遺伝子名と同じだが、斜体にせず、全ての文字は大文字である (SHH)。mRNAとcDNAは遺伝子と同じ形式である^[5]。

マウスとラット

遺伝子シンボルはイタリック体で、語頭のみ大文字、残りを小文字で表す (Shh)。ウェブページではイタリック体でなくて良い。タンパク質名は遺伝子名と同じだがイタリック体にせず、全て大文字で表す(SHH)^[7]。

カエル (Xenopus属)

遺伝子名はイタリック体で、全ての文字を小文字で表す (shh)。タンパク質名は遺伝子名と同じだが、イタリック体にせず、語頭を大文字、残りを小文字で表す (Shh)^[8]。

ゼブラフィッシュ

遺伝子名はイタリック体で、全ての文字を小文字で表す(shh)。タンパク質名は遺伝子名と同じだが、イタリック体にはせず、語頭を大文字、残りを小文字で表す(Shh)^[9]。

References

^ Report of the International Committee on Genetic Symbols and Nomenclature (1957). Union of International Sci Biol Ser B, Colloquia No. 30.
^ About the HGNC
^ Genetic nomenclature guide (1995). Trends Genet.
^ The Trends In Genetics Nomenclature Guide (1998). Elsevier, Cambridge.
^ ^a ^b Guidelines for Human Gene Nomenclature
^ Fundel and Zimmer (2006). Gene and protein nomenclature in public databases. BMC Bioinformatics 7:372.
^ Rules for Nomenclature of Genes, Genetic Markers, Alleles, and Mutations in Mouse and Rat
^ Suggested Xenopus Gene Name Guidelines
^ Zebrafish Nomenclature Guidelines

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「遺伝子命名法」の続きの解説一覧

1 遺伝子命名法とは
2 遺伝子命名法の概要
3 External links

[1] Report of the International Committee on Genetic Symbols and Nomenclature (1957). Union of International Sci Biol Ser B, Colloquia No. 30.

[2] About the HGNC

[3] Genetic nomenclature guide (1995). Trends Genet.

[4] The Trends In Genetics Nomenclature Guide (1998). Elsevier, Cambridge.

[autogenerated1-5] Guidelines for Human Gene Nomenclature

[6] Fundel and Zimmer (2006). Gene and protein nomenclature in public databases. BMC Bioinformatics 7:372.

[7] Rules for Nomenclature of Genes, Genetic Markers, Alleles, and Mutations in Mouse and Rat

[8] Suggested Xenopus Gene Name Guidelines

[9] Zebrafish Nomenclature Guidelines

[5]

[7]

[8]

[9]

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