タンパク質ドメイン進化的分類データベース
(Evolutionary Classification of Protein Domains から転送)
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/05/04 08:59 UTC 版)
ナビゲーションに移動 検索に移動| 内容 | |
|---|---|
| キャプチャデータ | タンパク質ドメイン |
| コンタクト | |
| 研究拠点 | Grishin Lab, テキサス大学サウスウェスタンメディカルセンター |
| 作者 | H. Cheng, R. D. Schaeffer, Y. Liao, L. N. Kinch, J. Pei, S. Shi, B. H. Kim, N. V. Grishin. |
| 主要引用 | PMID 25474468 |
| 公開日 | 2014 |
| アクセス | |
| ウェブサイト | http://prodata.swmed.edu/ecod/ |
| ツール | |
| その他 | |
| バージョン | 継続的に更新 |
| キュレーション ポリシー | 新規タンパク質は手動。照合したもののために自動化。 |
タンパク質ドメイン進化的分類（タンパクしつドメインしんかてきぶんるい、英: Evolutionary Classification of Protein Domains、ECOD）は、蛋白質構造データバンク（PDB）から入手可能なタンパク質ドメインを分類した生物学的データベースである。ECODは、タンパク質間の進化的関係を決定しようとするものである。
ECODは、Pfam、CATH、SCOPと同様に、タンパク質全体ではなくドメインを収集する。ただし、ECODは進化的関係に重点を置いている。ECODでは、単純に収斂進化を示す可能性のあるフォールドによってタンパク質を分類するのではなく、実証可能な相同性のみによってタンパク質を分類している[1]。
脚注
- ^ Cheng, H; Schaeffer, RD; Liao, Y; Kinch, LN; Pei, J; Shi, S; Kim, BH; Grishin, NV (December 2014). “ECOD: an evolutionary classification of protein domains.”. PLOS Computational Biology 10 (12): e1003926. Bibcode: 2014PLSCB..10E3926C. doi:10.1371/journal.pcbi.1003926. PMC: 4256011. PMID 25474468.
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