グローバル距離テスト
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2024/04/08 09:04 UTC 版)
グローバル距離テスト (global distance test、GDT) は、既知のアミノ酸対応を持ちながら (例えば同一のアミノ酸配列)、三次構造が異なる2つのタンパク質構造間の類似性を測定する尺度であり、「合計スコア」を表すためにGDT_TSとも呼ばれる。これは、タンパク質の構造予測の結果を、X線結晶構造解析またはタンパク質NMRによって測定された実験的に決定された構造と比較するために最も一般的に使用される。著者のAdam Zemla氏[1]が説明するGDT測定値は、より一般的なRMSD測定値よりも正確な測定を目的としており、これは構造中の個々のループ領域のモデル化が不十分なために外れ値領域の影響を受けやすいが、それ以外の場合は適度に正確である。GDT_TS測定値は、タンパク質構造予測精密評価 (CASP、Critical Assessment of Structure Prediction) の結果を作成する際の主要な評価基準として使用される。CASPは、現在のモデリング技術の評価と、その主要な欠陥を特定に特化した構造予測コミュニティでの大規模な実験である[1][2][3]。一般的にGDT_TSが高いほど、参照構造と比較して与えられたモデルが優れている。
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- ^ US patent 8024127 B2, Adam Zemla, "Local-Global Alignment for Finding 3D Similarities in Protein Structures", issued 20 September 2011, assigned to Lawrence Livermore National Security, LLC
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- ^ Sadreyev, RI; Shi, S; Baker, D; Grishin, NV (15 May 2009). “Structure similarity measure with penalty for close non-equivalent residues.”. Bioinformatics 25 (10): 1259–63. doi:10.1093/bioinformatics/btp148. PMC 2677741. PMID 19321733.
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- ^ Modi V, Xu QF, Adhikari S, Dunbrack RL (2016). “Assessment of template‐based modeling of protein structure in CASP11”. Proteins 84: 200–220. doi:10.1002/prot.25049. PMC 5030193. PMID 27081927.
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