スレッディング (タンパク質)
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2024/04/07 21:12 UTC 版)
タンパク質スレッディングソフトウェア
- HHpredは、隠れマルコフモデルのペアワイズ比較に基づき、遠隔の相同性を検出するために広く使用されているソフトウェアHHsearchを実行する人気のあるスレッディング・サーバーである。
- RAPTOR (ソフトウェア)は、整数計画に基づくタンパク質のスレッディングソフトウェアである。このプログラムは、確率的グラフィカルモデルと統計的推論を用いて、シングルテンプレートおよびマルチテンプレートベースのタンパク質スレッディングを行う。これは、新規のタンパク質スレッディングプログラムRaptorXで置き換えられた[3][4][5][6]。RaptorXはRAPTORを大幅に凌駕し、特に配列プロファイルが疎なタンパク質のアライメントに優れている。RaptorXサーバは無料で公開されている。
- Phyreは、HHsearchをab initioおよびmultiple-template modellingを組み合わせた人気のあるスレッディングサービスである。
- MUSTERは、動的計画法と配列プロファイル-プロファイルアライメントに基づいた標準的なスレッディング・アルゴリズムである。これはまた、複数の構造リソースを組み合わせて、配列プロファイルアライメントを支援する[7]。
- SPARKS Xは、クエリで予測された1次元構造特性と、それに対応するテンプレートの本来特性との間で、配列と構造の確率ベースによるマッチングを行う[8]。
- BioShellは、最適化されたプロファイル間動的計画法アルゴリズムと、予測された二次構造を組み合わせたスレッディングアルゴリズムである[9]。
- ^ Bowie JU, Lüthy R, Eisenberg D (1991). “A method to identify protein sequences that fold into a known three-dimensional structure”. Science 253 (5016): 164–170. Bibcode: 1991Sci...253..164B. doi:10.1126/science.1853201. PMID 1853201.
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- ^ Gront D, Blaszczyk M, Wojciechowski P, Kolinski A (2012). “BioShell Threader: protein homology detection based on sequence profiles and secondary structure profiles”. Nucleic Acids Research 40 (W1): W257–W262. doi:10.1093/nar/gks555. PMC 3394251. PMID 22693216.
「スレッディング (タンパク質)」の続きの解説一覧
- 1 スレッディング (タンパク質)とは
- 2 スレッディング (タンパク質)の概要
- 3 タンパク質構造の分類
- 4 タンパク質スレッディングソフトウェア
- 5 参照項目
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