Cytoscape

分子生物学用語集

Cytoscape

Cytoscape(サイトスケープ)とは分子間相互作用のネットワークを可視化したり、それらと遺伝子発現プロファイルなどを統合することのできるオープンソースのプラットフォーム。GUIで簡単にネットワーク図を作図できる。プラグインによる拡張によって各種解析を行うことができる。Javaで動作するので、どんなOSでも起動可能。

• Cytoscape Info. Cytoscape関連の日本語情報
• CyDoc. Cytoscape日本語ドキュメント整備プロジェクト
• Cytoscape公式サイト（英語）
• Cytoscapeの図を含む論文リスト

スクリーンショットの解説

（左上から）

• 酵母の大規模なPPIネットワークを可視化したもの。遺伝子オントロジー(GO)によるアノテーションをネットワーク経由で付加。それを元にノードを彩色。
• 上記のネットワークをMCODEプラグインにて解析。
• そこで発見された局所構造（クラスター）をサブネットワークとして抽出。その後、Cytoscapeの可視化機能を使って加工したもの。出力形式はPNG, JPG, SVG, PDFなどをサポート。

Bio Wikiの記事を複製・再配布した「分子生物学用語集」の内容は、特に明示されていない限り、次のライセンスに従います：
CC Attribution-Noncommercial-Share Alike 3.0 Unported

ウィキペディア

Cytoscape

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2023/05/23 20:43 UTC 版)

Cytoscapeは代謝経路網の可視化や遺伝子発現プロフィールと関連データの統合などに用いられるオープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェアプラットフォームである。 プラグインにより機能が追加でき、ネットワークや分子プロファイリング分析、レイアウトの変更、新規ファイル形式のサポートや外部ネットワークへの検索が利用可能になる。 プラグインはコミュニティにより開発されており、利用者のコミュニティへの参加や新規プラグインの開発が奨励されている。 Ver3.0以降については、モジュール化、拡張性、保守性を重視した開発が続けられている。