シュードウリジンのシーケンシング技術
出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2021/01/22 22:49 UTC 版)
「シュードウリジン」の記事における「シュードウリジンのシーケンシング技術」の解説
シュードウリジンは多数の異なる技術によって同定することができる。RNAやDNA中の修飾を同定する一般的な技術は液体クロマトグラフィー/質量分析(LC/MS)である。質量分析は分子を質量と電荷で分離する。ウリジンはとシュードウリジンは質量は同じであるが、電荷が異なる。液体クロマトグラフィーはカラム中での保持時間の差によって分離を行う。シュードウリジンを同定する化学的手法では、CMC(N-cyclohexyl-N′-β-(4-methylmorpholinium)ethylcarbodiimide)と呼ばれる化合物が用いられる。CMCはシュードウリジンとウリジンの双方と結合するが、シュードウリジンのN3位に結合したCMCはアルカリ処理後も保持されるため、シュードウリジンを特異的にラベル化し、ウリジンから区別することができる。シュードウリジンに結合したCMCは、シグナル分子でタグ付けを行ってイメージングに利用することもできる。この手法をハイスループット化する研究が行われている。
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