ショットガン・シークエンシング法とは? わかりやすく解説

Weblio 辞書 > 辞書・百科事典 > 百科事典 > ショットガン・シークエンシング法の意味・解説 

ショットガン・シークエンシング法

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2016/04/03 06:30 UTC 版)

ショットガン・シークエンシング法 は長いDNAの塩基配列の決定に対して適用される配列決定手法。

まず長い配列を短いランダムな断片としてクローニングし、最初にそれらの配列を決定する。 このとき一本の長いDNA鎖から沢山のコピーを取り、断片同士がオーバーラップするようにしておく。 最終的に、これらのオーバーラップ部分についてコンピュータ上でアライメントを行い、元の長い塩基配列を決定する。

簡略化した例として2本の断片の場合を以下に示す。

元の配列                : XXXAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTAXXXX
第1回のショットガン配列  : XXXAGCATGCTGCAG
                                      TCATGCTTAGGCTAXXXX
第2回のショットガン配列  :                      TTAGGCTAXXXX
                       XXXAGCATGCTGCAGTCATGC
再構築された配列        :  XXXAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTAXXXX

実際に適用する際は数千から数百万件の配列を扱うことになり、またデータ中には転写やシークエンシングなどのエラーも入ってくる。 このため実際のプロジェクトでこれらのアライメントの計算を行うには膨大な計算機資源が要求される。

2000年にはショットガン・シークエンシング法は、セレラ・ジェノミクス社によって ヒトのゲノムヒトゲノム計画)にも適用されており、そこではヒトのDNAを正確に アライメントするために幾つものスーパーコンピュータが数ヶ月にも亘ってフル稼働したとされる。

関連項目




英和和英テキスト翻訳>> Weblio翻訳
英語⇒日本語日本語⇒英語
  

辞書ショートカット

すべての辞書の索引

「ショットガン・シークエンシング法」の関連用語

ショットガン・シークエンシング法のお隣キーワード
検索ランキング

   

英語⇒日本語
日本語⇒英語
   



ショットガン・シークエンシング法のページの著作権
Weblio 辞書 情報提供元は 参加元一覧 にて確認できます。

   
ウィキペディアウィキペディア
All text is available under the terms of the GNU Free Documentation License.
この記事は、ウィキペディアのショットガン・シークエンシング法 (改訂履歴)の記事を複製、再配布したものにあたり、GNU Free Documentation Licenseというライセンスの下で提供されています。 Weblio辞書に掲載されているウィキペディアの記事も、全てGNU Free Documentation Licenseの元に提供されております。

©2025 GRAS Group, Inc.RSS