BLUPF90とは？わかりやすく解説

BLUPF90 系プログラムは、家畜および植物の育種を目的とする量的遺伝学で用いられる統計ソフトウェアパッケージである。^[1]^[2] このソフトウエアは混合モデルを当てはめ、制限付き最尤法やギブスサンプリングによる分散成分の推定、および最良線形不偏予測 (BLUP) による育種価の予測を行う。

プログラムはFortranで記述され、何十万ものジェノタイプ個体に対してゲノミック選抜を行うことができる。^[3]

BLUPF90のバイナリは、研究目的であれば自由に入手でき、GNU/Linux、Windows、Mac OS Xで動作する。^[4]^[5] R(プログラミング言語)から呼び出すためのパッケージも存在する。^[6]

参考文献

^ Misztal, Ignacy (1999). “Complex Models, More Data: Simpler Programming?”. Interbull Bulletin 20: 33–42.
^ Misztal, I; Tsuruta, S; Strabel, T; Auvray, B; Druet, T; Lee, D H (2002). BLUPF90 and related programs (BGF90). 7th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production. Montpellier, France.
^ Aguilar, I; Misztal, I; Tsuruta, S; Legarra, A; Wang, H (2014). PREGSF90 – POSTGSF90: Computational Tools for the Implementation of Single-step Genomic Selection and Genome -wide Association with Ungenotyped Individuals in BLUPF90 Programs (PDF). 10th World Congress of Genetics Applied to Livestock Production. American Society of Animal Science, Champaign, IL.
^ http://nce.ads.uga.edu/software/
^ http://nce.ads.uga.edu/wiki/doku.php?id=start
^ http://famuvie.github.io/breedR/