神経学的局在徴候最も多い神経局在徴候は片麻痺や注視障害、脳神経障害である。脳神経障害としては瞳孔不同、眼球運動障害、顔面神経麻痺、失語症などである。片麻痺は脳梗塞、脳浮腫、硬膜下膿瘍、部分痙攣後のトッド麻痺のいずれかのためである。特に細菌性髄膜炎では20～40％で痙攣が認められる。皮膚
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髄膜炎菌、肺炎球菌、ブドウ球菌などの髄膜炎で皮疹が認められる。髄膜炎菌の広汎性斑状丘疹が有名である。また軽く触っただけで痛がるという皮膚の痛覚閾値の低下が認められることもある。
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