AutoDock
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2024/04/08 09:59 UTC 版)
AutoDockは、分子モデリングシミュレーションソフトウェアの一つであり、タンパク質–リガンドドッキングに利用される。2009年からオープンソース化され、非商業的利用に関しては無料である。
- ^ Sousa, Sérgio Filipe; Fernandes, Pedro Alexandrino; Ramos, Maria João (2006-07-21). “Protein-ligand docking: Current status and future challenges” (英語). Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 65 (1): 15–26. doi:10.1002/prot.21082. ISSN 0887-3585. PMID 16862531.
- ^ “OpenPandemics - COVID-19: Project Overview”. World Community Grid. 2020年7月24日閲覧。
- ^ a b c Trott, O.; Olson, A.J. (2010), “AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading”, Journal of Computational Chemistry 31 (2): 455–461, doi:10.1002/jcc.21334, PMC 3041641, PMID 19499576
- ^ “Python scripting — Autodock Vina 1.2.0 documentation”. autodock-vina.readthedocs.io. 2022年8月23日閲覧。
- ^ “The Center for Computational Structural Biology”. The Center for Computational Structural Biology (2020年5月15日). 2020年5月15日閲覧。
- ^ “Arthur Olson | Scripps Research”. www.scripps.edu. 2019年5月22日閲覧。
- ^ a b c Goodsell DS, Sanner MF, Olson AJ, Forli S (August 2020). “The AutoDock suite at 30”. Protein Science 30 (1): 31–43. doi:10.1002/pro.3934. PMC 7737764. PMID 32808340.
- ^ a b Schames JR, Henchman RH, Siegel JS, Sotriffer CA, Ni H, McCammon JA (April 2004). “Discovery of a novel binding trench in HIV integrase”. Journal of Medicinal Chemistry 47 (8): 1879–81. doi:10.1021/jm0341913. PMID 15055986.
- ^ Park H, Lee J, Lee S (November 2006). “Critical assessment of the automated AutoDock as a new docking tool for virtual screening”. Proteins 65 (3): 549–54. doi:10.1002/prot.21183. PMID 16988956.
- ^ a b Gupta G (2020年5月26日). “Racing the Clock, COVID Killer Sought Among a Billion Molecules”. Nvidia. 2020年9月26日閲覧。
- ^ Schames JR, Henchman RH, Siegel JS, Sotriffer CA, Ni H, McCammon JA (April 2004). “Discovery of a novel binding trench in HIV integrase”. Journal of Medicinal Chemistry 47 (8): 1879–81. doi:10.1021/jm0341913. PMID 15055986.
- ^ “Molecules in Motion: Computer Simulations Lead to a Better Understanding of Protein Structures” (English). www.nsf.gov. 2019年5月22日閲覧。
- ^ “AutoDock — AutoDock”. autodock.scripps.edu. 2019年5月22日閲覧。
- ^ “Debian Package Tracker - autodocksuite”. tracker.debian.org. 2019年5月22日閲覧。
- ^ “Debian Package Tracker - autodock-vina”. tracker.debian.org. 2019年5月22日閲覧。
- ^ “Package autodocksuite”. apps.fedoraproject.org. 2019年5月22日閲覧。
- ^ “AUR (en) - autodock-vina”. aur.archlinux.org. 2019年5月22日閲覧。
- ^ Wojciech (2010年1月22日). “How to compile autodock as native 64 bit windows application”. The Scripps Research Institute. 2012年1月19日閲覧。
- ^ a b GitHub - ccsb-scripps/AutoDock-GPU: AutoDock for GPUs using OpenCL., Center for Computational Structural Biology, (2019-08-23) 2019年9月15日閲覧。
- ^ “Home”. AutoDock Vina. CCSB at The Scripps Research Institute. 2022年8月23日閲覧。
- ^ “Windows 10 or Linux”. World Community Grid (2019年10月31日). 2020年4月4日閲覧。
- ^ “Release v1.2.0 · ccsb-scripps/AutoDock-Vina” (英語). GitHub. 2022年8月23日閲覧。
- ^ Eberhardt, Jerome; Santos-Martins, Diogo; Tillack, Andreas F.; Forli, Stefano (2021-08-23). “AutoDock Vina 1.2.0: New Docking Methods, Expanded Force Field, and Python Bindings”. Journal of Chemical Information and Modeling 61 (8): 3891–3898. doi:10.1021/acs.jcim.1c00203. ISSN 1549-9596.
- ^ Bianco, Giulia; Forli, Stefano; Goodsell, David S.; Olson, Arthur J. (2016-01). “Covalent docking using autodock: Two-point attractor and flexible side chain methods: Covalent Docking with AutoDock” (英語). Protein Science 25 (1): 295–301. doi:10.1002/pro.2733. PMC 4815316. PMID 26103917.
- ^ Ravindranath, Pradeep Anand; Forli, Stefano; Goodsell, David S.; Olson, Arthur J.; Sanner, Michel F. (2015-12-02). Fetrow, Jacquelyn S.. ed. “AutoDockFR: Advances in Protein-Ligand Docking with Explicitly Specified Binding Site Flexibility” (英語). PLOS Computational Biology 11 (12): e1004586. doi:10.1371/journal.pcbi.1004586. ISSN 1553-7358. PMC 4667975. PMID 26629955.
- ^ “AutoDockFR home page”. CENTER FOR COMPUTATIONAL STRUCTURAL BIOLOGY. CCSB at Scripps Research Institution. 2022年8月23日閲覧。 “While it supports the docking modes available in AutoDock4 and Vina, it was designed specifically, to include selective receptor flexibility and also supports covalent docking.”
- ^ “AutoDockFR home page”. CENTER FOR COMPUTATIONAL STRUCTURAL BIOLOGY. CCSB at Scripps Research Institution. 2022年8月23日閲覧。 “It is distributed as part of the ADFR software suite which provides additional tools facilitating automated docking.”
- ^ “smina” (英語). SourceForge. 2019年9月15日閲覧。
- ^ Off-Target Pipeline 2012年1月19日閲覧。.
- ^ “Consensus Scoring ToolKit | consensus scoring optimization for protein ligand docking” (英語). 2019年5月22日閲覧。
- ^ “Turning Docking and Virtual Screening as simple as it can get...”. www.fc.up.pt. 2019年5月22日閲覧。
- ^ “Welcome to the PyRx Website”. 2020年7月24日閲覧。
- ^ Samdani, A.; Vetrivel, Umashankar (2018-06-01). “POAP: A GNU parallel based multithreaded pipeline of open babel and AutoDock suite for boosted high-throughput virtual screening” (英語). Computational Biology and Chemistry 74: 39–48. doi:10.1016/j.compbiolchem.2018.02.012. PMID 29533817.
- ^ Gorgulla C, Boeszoermenyi A, Wang ZF, Fischer PD, Coote PW, Padmanabha Das KM, Malets YS, Radchenko DS, Moroz YS, Scott DA, Fackeldey K, Hoffmann M, Iavniuk I, Wagner G, Arthanari H (April 2020). “An open-source drug discovery platform enables ultra-large virtual screens”. Nature 580 (7805): 663–668. Bibcode: 2020Natur.580..663G. doi:10.1038/s41586-020-2117-z. PMID 32152607.
- ^ “Omixon - Products - Docking” (2010年3月5日). 2010年3月5日時点のオリジナルよりアーカイブ。2019年5月22日閲覧。
- ^ Pechan, Imre. “FPGA-Based Acceleration of the AutoDock Molecular Docking Software”. BME MDA, a Műegyetem Digitális Archivuma. 2019年5月22日閲覧。
[続きの解説]
「AutoDock」の続きの解説一覧
- 1 AutoDockとは
- 2 AutoDockの概要
- 3 プラットフォームサポート
- 4 外部リンク
- AutoDockのページへのリンク
