酵素
出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2024/04/04 13:29 UTC 版)
生命の起源と酵素
現存するすべての生物種において、酵素を含むすべてのタンパク質の設計図はDNA上の遺伝情報であるゲノムに基づいている。一方、DNA自身の複製や合成にも酵素を必要としている。つまり、酵素の存在はDNAの存在が前提であり、一方でDNAの存在は酵素の存在が前提であるから、ゲノムの起源においてDNAの確立が先か酵素の確立が先かというパラドックスが存在していた。最近の研究では、このパラドックスについて、いまだ確証はないものの以下のように説明している。
1986年にアメリカのトーマス・チェックらによって発見されたリボザイムは、触媒作用を持つRNAであり、次の3種類の反応を触媒することが知られている[36]。
- 自分自身に作用してRNAを切断する。(グループ I, II, III イントロンの自己スプライシング)
- 他の RNA に作用してRNAを切断する。(リボヌクレアーゼP)
- ペプチド結合の形成。(リボゾーム23S rRNA)
特性1.および2.からは、RNAは自己複製していた段階の存在があるとも考えられる。また、特性3.からは、RNAが酵素の役割も担う場合があることがわかる。このことから、仮説ではあるが、現在のゲノムの発現機構(セントラルドグマと言い表される)が確立する前段階において、遺伝子と酵素との役割を同じRNAが担っているRNAワールドという段階が存在したと考えられている。
なお、特性3.の例として挙げた23S rRNAは、大腸菌のタンパク質を合成するリボゾーム内に存在する。大腸菌のリボゾームにおいては、アミノアシルtRNAから合成されるペプチドにアミノ酸を転位・結合させる酵素の活性中心の主役が、タンパク質ではなく23S rRNAとなっている[37]。さらに、この場合の酵素作用(ペプチジルトランスフェラーゼ活性)は、23S rRNAのドメインVに依存することも判明している[38]。
また、リボザイムが自己切断する際には鉛イオンが関与する例が判明している。このことから、RNAもタンパク質酵素の補因子と共通の仕組みを持っているという可能性が示唆されている[39]。
RNAワールド説によると、ゲノムを保持する役割はDNAへ、酵素機能はタンパク質へと淘汰が進んで、RNAワールドが今日のセントラルドグマへと進化したと考えられている。その段階では、次のようなRNAの特性が進化の要因として寄与したと推定されている[40]。
遺伝子の保管庫がDNAではなくRNAであったと仮定した場合、RNAには不利な特性がある。それは、リボース2'位の水酸基が存在するため、エステル交換によって環状ヌクレオシド(環状AMPなど)を形成してヌクレオチドが切断されやすいという性質である。これに対してDNAは、リボース2'位の水酸基を欠くため環状リン酸エステルを形成せず、RNAの場合より安定なヌクレオチドを形成する。
また、立体構造の多様性について考察すると、RNAの立体構造はタンパク質に比べて高次構造が単純になることが判明している。したがって、RNAから構成される酵素に比べ、タンパク質から構成される酵素の方が立体構造の多様性が大きく、基質特異性の面や遷移状態モデルを形成する上でより性能のよい酵素になると考えられる[41]。
注釈
出典
- ^ Murphy JM, Farhan H, Eyers PA (2017). “Bio-Zombie: the rise of pseudoenzymes in biology”. Biochem Soc Trans 45 (2): 537–544. doi:10.1042/bst20160400. PMID 28408493.
- ^ Murphy JM, et al. (2014). “A robust methodology to subclassify pseudokinases based on their nucleotide-binding properties”. Biochemical Journal 457 (2): 323–334. doi:10.1042/BJ20131174. PMC 5679212. PMID 24107129 .
- ^ a b 北川裕久、田島秀浩 、中川原寿俊ら「膵頭部癌術後の消化吸収障害に対する高力価・腸溶性膵消化酵素剤投与の有用性についての検討」『膵臓』第28巻第2号、2013年4月25日、178-184頁、doi:10.2958/suizo.28.178、NAID 10031178027。
- ^ a b 伊藤鉄英、安田幹彦、河辺顕ら「慢性膵炎の栄養療法」『日本消化器病學會雜誌』第104巻第12号、2007年12月5日、1722-1727頁、doi:10.11405/nisshoshi.104.1722。
- ^ Raja, MMM; Raja, A; Imran, MM; Santha, AMI; Devasena, K (2011). “Enzymes Application in Diagnostic Prospects”. Biotechnology 10 (1): 51-59. doi:10.3923/biotech.2011.51.59.
- ^ Payen, A; Persoz, JF (1833). “Mémoire sur la diastase, les principaux produits de ses réactions et leurs applications aux arts industriels” (French trans-title=Memoir on diastase, the principal products of its reactions, and their applications to the industrial arts). Annales de chimie et de physique. 2nd 53: 73-92 .
- ^ Theodor Schwann. Encyclopædia Britannica. 2007. Encyclopædia Britannica Online.
- ^ Harper, D (2001). "enzyme". Online Etymology Dictionary.
- ^ Kühne W (1876). “Über das Verhalten verschiedener organisirter und sog. ungeformter Fermente [On the behavior of various organized and so-called unformed ferments]” (German). Verhandlungen des naturhistorisch-medicinischen Vereins zu Heidelberg. new series 1 (3): 190-193 .
- ^ 徳重正信、「酵素」『世界大百科事典』(CD-ROM版、第2版)、日立デジタル平凡社、1998年。
- ^ Fischer E (1894). “Einfluss der Configuration auf die Wirkung der Enzyme”. Ber Dt Chem Ges 27: 2985-93 .
- ^ 1946 Nobel prize for Chemistry laureates at http://nobelprize.org
- ^ “The Nobel Prize in Chemistry 1946”. The Nobel Prize. NobelPrize.org. 2018年11月4日閲覧。
- ^ 1989 Nobel prize for Chemistrylaureates at http://nobelprize.org
- ^ Eisenmesser EZ, Bosco DA, Akke M, Kern D (2002). “Enzyme dynamics during catalysis”. Science 295: 1520-3. PMID 11859194.
- ^ Agarwal PK (2005). Role of protein dynamics in reaction rate enhancement by enzymes. journal=J Am Chem Soc. 127. pp. 15248-56. PMID 16248667.
- ^ Eisenmesser EZ, Millet O, Labeikovsky W, Korzhnev DM, Wolf-Watz M, Bosco DA, Skalicky JJ, Kay LE, Kern D (2005). “Intrinsic dynamics of an enzyme underlies catalysis”. Nature 438: 117-21. PMID 16267559.
- ^ Åqvist, J., Kazemi, M., Isaksen, G. V., Brandsdal, B. O. (2017). “Entropy and Enzyme Catalysis”. Acc. Chem. Res. 50 (2): 199–207. doi:10.1021/acs.accounts.6b00321.
- ^ Koshland Jr., D. E. (1958). “Application of a Theory of Enzyme Specificity to Protein Synthesis”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 44 (2): 98-104. doi:10.1073/pnas.44.2.98.
- ^ 吉岡 政七, 遠藤 克己『新生化学ガイドブック』南江堂、1969年、82-119ページ。
- ^ a b c d 一島英治『酵素の化学』朝倉書店、1995年。ISBN 4-254-14555-1
- ^ Sang-Hwan Oh, Ganther HE, Hoekstra WG (1974). “Selenium as a Component of Glutathione Peroxidase Isolated from Ovine Erythrocytest”. Biochemistry 13: 1825-9. [1]
- ^ a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t u "Molecule of the Month" RCSB PDB
- ^ 長倉三郎他編「補欠分子族」『理化学辞典』5版、岩波書店、1998年。長倉三郎他編「補酵素」『理化学辞典』5版、岩波書店、1998年。
- ^ 『レーニンジャーの新生化学[上]』第4版、廣川書店、監修/山科郁男 編集/中山和久
- ^ JIS K 3600:2000(日本産業標準調査会、経済産業省)
- ^ 吉岡 政七, 遠藤 克己『新生化学ガイドブック』南江堂、1969年、89ページ。
- ^ 長倉三郎他編「代謝調節」 『理化学辞典』5版、岩波書店、1998年。
- ^ a b 今井誠一『味噌』農山漁村文化協会、2002年。27-29頁。
- ^ Roxas M (2008-12). “The role of enzyme supplementation in digestive disorders” (pdf). Altern Med Rev 13 (4): 307–14. PMID 19152478 .
- ^ タカヂアスターゼ 日本薬学会
- ^ “消化酵素製剤解説 処方薬辞典”. 日経メディカル. 2018年7月26日閲覧。
- ^ Leite AP, de Oliveira BG, Soares MF, Barrocas DL (2012-9). “Use and effectiveness of papain in the wound healing process: a systematic review”. Rev Gaucha Enferm 33 (3): 198–207. doi:10.1590/s1983-14472012000300026. PMID 23405827 .
- ^ “Risk Assessments”. HERA Human and Environmental Risk Assessment on ingredients of household cleaning products. HERA. 2018年11月4日閲覧。
- ^ 高機能バイオセンサー事業部会編『高機能バイオセンサー』化学工業日報社、2003年。ISBN 4-87326-429-4
- ^ T.A. Brown著、村松正實監訳『ゲノム 新しい生命情報システムへのアプローチ』メディカル・サイエンス・インターナショナル、2000年。ISBN 4-89592-237-5
- ^ Nitta I, Ueda T, Watanabe K (1998). “Possivble involvement of Escherichia coli 23S ribosomal RNA in peptide bond formation”. RNA 4: 257-67.
- ^ Nitta I, Kamada Y, Noda H, Ueda T, Watanabe K (1998). “Reconstitution of peptide bond formation with Escherichia coli 23S ribosomal RNA domains”. Science 281: 666-9. PMID 9685252.
- ^ Scott WG, Klug A (1996). “Ribozymes: structure and mechanism in RNA catalysis”. Trends Biochem Sci 21: 351-5.
- ^ Szathmary E, Smith JM (1993). “The evolution of chromosomes. II. Molecular mechanisms”. J Theoret Biol 164: 447-54.
- ^ Csermely P (1997). “Proteins, RNAs and chaperones in enzyme evolution: a folding perspective”. Trends Biochem Sci 22: 147-9.
- ^ Giovanna Ghirlanda, "Old enzymes, new tricks", Nature 453, 164-166 (2008). doi:10.1038/453164a
酵素と同じ種類の言葉
- >> 「酵素」を含む用語の索引
- 酵素のページへのリンク