発酵茶（紅茶）や半発酵茶（烏龍茶など）は、茶葉自体に含まれる酸化酵素によって発酵させてつくるお茶ですが、「後発酵茶」は茶葉が持つ酵素の働きを熱によって止め、微生物の力で茶葉を発酵させてつくるお茶です。世界的に有名な後発酵茶として、中国のプーアル茶があります。日本にも代表的な4種類の後発酵茶があり、3種類は四国地方で、もう1種類は富山県で生産されています。摘んだ茶葉をすぐに加熱して自然発酵（植物内在酵素）を抑制し、その後、お茶ごとに真菌（カビ）や酵母、乳酸菌などにより発酵させて作られていて、独特の香りと酸味が特徴のお茶です。

高知県長岡郡大豊町で作られている碁石茶は、二段階発酵が特徴的なお茶です。
初夏に枝ごと刈り取った肉厚な茶葉を、蒸し桶に詰めて大釜で1時間ほど蒸し煮し、室内（むろ）に敷いたむしろで一週間程度寝かせて発酵（カビ付け）させます。これが一次発酵です。次にこの葉を、大釜で蒸し煮した時に出た蒸し汁を加えて桶に漬け込み、上から重しをして一週間程度漬け込み二次発酵させます。漬け込みを終えたら、桶から茶葉を取り出し、これを約4センチメートル四方の大きさに四角く裁断し、ござの上で天日干しさせます。天日干しすると茶葉が乾燥して、碁石のように黒くなり、この様子が碁盤に碁石を並べたように見えるため碁石茶と名付けられたと言われています。もともとは茶粥の調味材料として利用されていました。

阿波晩茶（番茶）は、徳島県勝浦郡上勝町、那賀郡那賀町、海部郡美波町などで作られる一段階発酵のお茶です。
7月頃に茶の青葉を枝からすべてしごき採り、その後、竈（かまど）に火を焚き、大釜で一定時間茶葉を煮ます。茹でで柔らかくなった茶葉に、揉捻（じゅうねん）を行い、葉の表面に傷をつけます。これは主に次の漬け込みの工程で効果を増すために行われます。次にその茶葉と先ほど茶葉を煮た時に釜に残った煮汁を桶に入れて2週間から1ヶ月程度漬け込みます。夏季の気温が高い時期に桶で密封して漬け込むことで茶葉の発酵を促します。発酵後は天日乾燥などで茶干しを行います。緑茶に比べて苦味が少ないので、生産地では夏場に水出しして日常的に飲まれています。一番茶葉を十分育て、遅くに摘むことから「晩」茶と呼ばれています。

かつて愛媛県西条市小松町石鎚地区で作られ、現在も市内で生産が続けられている石鎚黒茶は、碁石茶と同じように二段階発酵を特徴としたお茶です。
7月頃に枝ごと収穫された茶葉を、蒸し器に入る長さに切り揃えて洗浄し、枝ごと蒸し器で約1時間ほど蒸します。蒸しあがった茶葉を広げて枝などを取り除いた後、茶葉を桶に詰めて、その上に煮沸した布をかけて蓋をし、山間の冷涼な場所で1週間程度一次発酵させます。桶の中の茶葉に生える白カビが発酵に必要な菌となります。その後、一次発酵した茶葉を手でよく揉捻し、空気を抜きながら容器につめて2週間ほど二次発酵期間を設けます。十分発酵した茶葉を軽くもみほぐしてすだれなどの上に広げ、天日乾燥させます。出来上がったお茶は、渋みがほとんどなく、特有の酸味があります。カビによる酸化発酵もしているため、黒色のお茶になっています。

富山県下新川郡朝日町のバタバタ茶伝承館でつくられているバタバタ茶は、一段階発酵が特徴のお茶です。
7月下旬から8月上旬頃に茶葉を刈り取り、チョッパーで荒く刻んだ茶葉を蒸煮機で蒸し、残っている太い枝を取り除きます。その茶葉を板の囲いの中に積み重ね、約60度に保たれるように2、3日に1回切り返しを行いながら約40日間かけて発酵させた後、天日乾燥を経て出来上がります。発酵時に60度まで温度が上がることから、発酵に関わる微生物はカビや耐熱性細菌が主体となっています。
抹茶茶碗よりもひとまわり小ぶりな五郎八茶碗に煮出したお茶を淹れ、茶せんが2本繋がった専用の茶せんでお茶を泡立てるという特徴的な飲み方をします。 もともと製造の過程が中国のプーアル茶に似ているため、風味も類似したまろやかさが特徴ですが、この泡によってそれがさらに引き立てられています。