13年前― 人里離れた研究所のスーパーコンピューターにバグが発生。 意志を持って暴走し、人々を襲ってきた。 人類は大きな犠牲を払い、研究所ごと亜空間に転送、 当面の危機は回避された。 しかし、亜空間に転送されたメサイア率いる“ヴァグラス”は 完全に滅びたわけではなく、 この世界と人類を支配するため秘かに体制を整えていたのだ。 そして人類も、ヴァグラス襲来に備え、 『特命戦隊ゴーバスターズ』を結成していた。 事件から13年― 時は新西暦2012年(N.C.2012) 都市生活を支える新エネルギー“エネトロン”を狙い、 ヴァグラスが出現。 今こそ出撃の時！ 人々を守る特命を帯びて戦う“ゴーバスターズ”が、 相棒の“バディロイド”とともにヴァグラスに立ち向かう！