| 回（年度） | 業績・氏名（受賞時の所属） |
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「フラーレンを用いた光エネルギー変換に関する研究」
今堀 博氏（京都大学大学院 工学研究科 分子工学専攻 教授） 「細胞核を初期化する遺伝子の同定と多能性肝細胞の樹立」 山中 伸弥氏（京都大学 再生医科学研究所 再生誘導研究分野 教授） |
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「リーマン幾何の枠組を超えた不連続群論の創始とリー群の無限次元表現における離散的分岐則の発見」
小林 俊行氏（京都大学 数理解析研究所 教授） 「量子流体力学の研究と新しい超流動乱流の発見」 坪田 誠氏（大阪市立大学大学院 理学研究科 数物系専攻 教授） |
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「タンパク質モータ・ダイニンの作動機構に関する研究」
大岩 和弘氏（（独）情報通信研究機構 関西先端研究センター 生体物性グループ グループリーダー） 「インターネットの応用に関する実践的研究と学際的展開」 下條 真司氏（大阪大学 サイバーメディアセンター センター長・教授） |
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「動物胚発生過程における細胞の発生運命決定機構の解析」
西田 宏記氏（大阪大学大学院理学研究科生物科学専攻 教授） 「フォトニック結晶に関する先駆的・独創的研究」 野田 進氏（京都大学大学院工学研究科 電子工学専攻量子機能工学講座 教授） |
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「MAPキナーゼシグナル伝達経路の発見、制御機構および機能」
西田 栄介氏（京都大学大学院生命科学研究科 教授） 「ベクトル束の研究とその幾何学的応用」 向井 茂氏（京都大学数理解析研究所 教授） |
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「自然免疫における病原体認識システムの研究」
審良 静男氏（大阪大学 微生物病研究所 癌抑制遺伝子分野 教授） 「高速超塑性に関する基礎研究」 東 健司氏（大阪府立大学 大学院工学研究科 物質系専攻材料工学分野 教授） |
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「タンパク質GPIアンカーに関する医学生物学的研究」
木下 タロウ氏（大阪大学微生物病研究所 教授） 「蛋白質ナノマシン立体構造の自己構築とスイッチ機構の解明」 難波 啓一氏（松下電器産業叶謦[技術研究所 リサーチディクター） |
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「多面体クラスタの伝導および磁性」
谷垣 勝己氏（大阪市立大学大学院理学研究科物質科学科 教授） 「体の左右非対称性が生じる機構の解明」 濱田 博司氏（大阪大学細胞生体工学センター 教授） |
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「細胞死抑制遺伝子ｂｃｌ−２の発見と細胞死の分子機構の解析」
辻本 賀英氏（大阪大学大学院医学系研究科 教授） 「量子群の表現論と多変数特殊関数論の新局面の開拓」 野海 正俊氏（神戸大学大学院自然科学研究科 教授） |
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「プロスタノイド受容体に関する研究」
成宮 周氏（京都大学医学研究科 教授） 「分子認識による超分子構造の構築に関する研究」 原田 明氏（大阪大学大学院理学研究科 教授） |
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「超微粒子化による金の新しい触媒機能の創出と実用化」
春田 正毅氏（大阪工業技術研究所 主席研究官） 「サイトカインの分子生物学的研究」 平野 俊夫氏（大阪大学医学部 教授） |
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「結び目理論の数学研究」
河内 明夫氏（大阪市立大学理学部 教授） 「低分子量ＧＴＰ結合蛋白質の生理機能と作用機構」 高井 義美氏（大阪大学医学部 教授） |
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「アポトーシス（細胞死）の分子機構の解析」
長田 重一氏（(財)大阪バイオサイエンス研究所 第一研究部 部長） 「レーザー核融合における爆縮プラズマ物理の研究」 三間 圀興氏 （大阪大学レーザー核融合研究センター 教授・センター長） |
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「肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）の発見と肝再生をはじめとする
器官再生機構の研究」 中村 敏一氏（大阪大学医学部 教授） 「マイクロ化学の開拓的研究」 増原 宏氏（大阪大学工学部 教授） |
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「運動と視覚に関する脳の神経計算原理と神経回路モデルの研究」
川人 光男氏 （潟Gイ・ティ・アール人間情報通信研究所第３研究室 室長） 「細胞接着分子カドヘリンの発見と機能の研究」 竹市 雅俊氏（京都大学理学部 教授） |
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「放射線および化学物質の継世代影響−癌および奇形発生と
その子孫への遺伝」 野村 大成氏（大阪大学医学部 教授） 「ブロック・コポリマーのミクロ相転移と秩序構造に関する研究」 橋本 竹治氏（京都大学工学部 助教授） |
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「分子線エピタキシャル結晶成長法による半導体新材料の研究と
高移動度トランジスタ（HEMT)の発明」 冷水 佐壽氏（大阪大学基礎工学部 教授） 「哺乳類脳神経系の発生・分化の研究」 御子柴 克彦氏（大阪大学蛋白質研究所 教授） |
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「突発性発疹の原因ウイルスの同定及びヒトヘルペスウイルス６の
潜伏感染に関する研究」 山西 弘一氏（大阪大学微生物病研究所 助教授） 「電子・光機能性高分子新素材に関する研究」 吉野 勝美氏（大阪大学工学部 教授） |
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「サイトカインシステムの分子生物学的解析」
谷口 維昭氏（大阪大学細胞工学センター 教授） 「筋収縮におけるエネルギー交換の分子メカニズム」 柳田 敏雄氏（大阪大学基礎工学部 教授） |
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「マスト細胞の分化に関する研究」
北村 幸彦氏（大阪大学医学部 教授） 「超イオン伝導ガラスの開発とその材料物性に関する研究」 南 努氏（大阪府立大学工学部 教授） |
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「癌細胞の表現形質発現の分子機構に関する研究」
角永 武夫氏（大阪大学微生物病研究所 教授） 「補助人工心臓システムの開発と臨床応用に関する研究」 高野 久輝氏（国立循環器病センター研究所 部長） |
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「電子スピン共鳴による年代測定法の開発」
池谷 元伺氏（山口大学工業短期大学部 教授） 「非線形Boltzmann方程式の数学的研究」 鵜飼 正二氏（大阪市立大学工学部 助教授） |
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「核酸塩基対形成と蛋白質による塩基対識別機構の研究」
京極 好正氏（大阪大学蛋白質研究所 教授） 「肝細胞癌に対する肝動脈塞栓療法の開発」 山田 龍作氏（和歌山県立医科大学 教授） |
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「Ｎｄ−Ｆｅ−Ｂ新磁石の発明」
佐川 眞人氏（住友特殊金属葛Z術開発部 主任部員） 「免疫グロブリン遺伝子に関する研究」 本庶 佑氏（京都大学医学部 教授） |
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「Ｂリンパ球の分化とその制御に関する研究」
岸本 忠三氏（大阪大学細胞工学センター 教授） 「有機金属触媒の基礎研究」 中村 晃氏（大阪大学理学部 教授） |