近年の高精度年代測定により，始新世～中期中新世にかけ，日本海拡大に伴って日本列島の陸域では多段階のリフティングが生じ，不整合で区切られたリフト堆積盆の発達があったことが明らかになった．これらは，大陸リフト，日本海盆の拡大，大和海盆の第1期および第2期の拡大そして東北本州リフト系の活動に終わる，一連の日本海リフト系の多段階のリフティングに応じて形成された．瀬戸内区には，古第三紀の広大な堆積盆が形成されたことが明らかになった．15Maに西南日本弧は隆起し，沈降する東北日本弧とのコントラストが顕著になった．直後に外帯火成活動や瀬戸内火山岩類の特異な火成活動が西南日本弧で生じた．東北日本弧では，12Ma頃より奥羽山脈の隆起と日本海沿岸の沈降を伴う圧縮テクトニクスが生じ，半閉鎖的・還元的日本海が成立して根源岩が形成された．6Ma頃より東北日本，西南日本弧ともに圧縮場が強まり短縮変形が進んできた。