腸内細菌叢が腸管の疾患以外にも、代謝疾患や精神疾患など様々な疾患に関係することが明らかになり、腸内細菌叢の健康・疾患における役割が幅広い研究分野から注目されている。腸内細菌叢の解析方法は、伝統的な培養法から最新のメタゲノム解析法まで様々存在しており、それぞれに利点と欠点がある。これらの利点と欠点を理解したうえで、研究の目的から適切な解析方法を選択するのが理想だが、専門的な研究者でなければ難しく、近年では得られる情報量が多いメタゲノム解析がファーストチョイスとなりつつある。本総説では、このメタゲノム解析の流れや、得られる解析結果の解釈方法を、特に腸内細菌叢研究の初学者向けに解説する。