エンテロウイルス感染症の症状は，非特異的発熱が最も多く，時に手足口病，ヘルパンギーナ，発疹症，無菌性髄膜炎，急性出血性結膜炎などの特異的病態を呈する．まれに，脳炎・脳症，ポリオ様麻痺性疾患，心筋炎・心膜炎，流行性筋痛症，肝炎などを呈することもある．臨床像とウイルス血清型に関連性があり，手足口病とコクサッキーウイルスA16やエンテロウイルス71，ヘルパンギーナとコクサッキーウイルスA群，脳幹脳炎とエンテロウイルス71，心筋炎とコクサッキーウイルスB群などである．