栄養価が高くヘルシーな食品として国際的にも受け入れられている納豆(糸引き納豆)は，大昔から明治時代まで，大豆を煮て稲藁苞に入れて保温し，稲藁の付着菌による自然醗酵に依存するという不衛生で不安定な方法でつくられていた．この方法に代わる近代的製造法が確立され，世に普及したのは，明治時代後半に澤村眞博士(東大農芸化学)が納豆は一菌種(Bacillus natto と命名)の働きによってできることを解明したことと，大正時代に半澤洵博士(北大農芸化学科応用菌学講座の開祖)が行なった実学的研究と普及活動によるところが大きい．半澤教授は，納豆菌の純粋培養と衛生的な容器を使用することが納豆を安定してつくるためのキーポイントと見抜き，経木(薄皮)を容器に用いる半澤式改良納豆製造法を確立した．そして，納豆容器改良会を組織し，また雑誌『納豆』を刊行して納豆製造業者を直接・間接に指導し，納豆博士と綽名された．さらに，半澤博士の指導を受けた三浦二郎氏(仙台市)が醗酵温度調節のために通気孔付きの納豆室(文化室と呼ばれた)を考案したことによって，安定した大量納豆製造の道が拓かれた．
本稿では，以上の経緯について辿り，近代納豆の実現における応用菌学の貢献をクローズアップする．