細胞内タンパク質分解系の一つであるオートファジー・リソソーム系にはリソソームに基質を運ぶ経路の違いにより，マクロオートファジー（MA），ミクロオートファジー（mA）およびシャペロン介在性オートファジー（CMA）の3種類が存在している．これら3種類のうち，MAは特異的活性マーカーであるLC3-IIの発見を契機に，研究が爆発的に進展し，生理機能や疾患発症への関与が次々と明らかになっている．一方で，mAは酵母では研究が進んでいるものの，哺乳細胞におけるmAの実態は不明なままである．CMAについてはHsc70やLAMP2Aといった関連する分子は解明されたが，有用な活性マーカーがなく，簡便な活性評価法も存在しないため，MAに比べて研究が遅れを取っている．しかし，CMAは①細胞質タンパク質の30％が基質となる，②他の分解系と異なり哺乳細胞しか存在しない，という特徴を持っておりCMAは哺乳細胞の機能維持に不可欠であり，CMAの破綻が様々な疾患発症に繋がる可能性は高い．我々はCMAの基質として知られているGAPDHに多機能ラベリングシステムであるHaloTagを融合したものをCMAマーカーとし，蛍光顕微鏡で簡便にかつ一細胞レベルで詳細にCMA活性を評価することが可能な新規活性評価法を開発した．この新規CMA活性評価法はCMAの生理機能や疾患発症への関与解明に大きく寄与することが期待される．本稿はこの新規CMA活性評価法の詳細とこれを応用した神経変性疾患モデルにおけるCMA活性評価を行った結果を紹介する．