かつて存在していた惑星・ミストロイドの住人であるミステリアンは、新たな居住地を地球に定め、富士の裾野に巨大なドーム基地を作り上げる。そして地球人に対し、地球人女性との結婚と居住権を宣言した。やがて防衛軍のミステリアン対策委員会は、地球の科学力を結集し、自衛のためミステリアンにに総攻撃をかけていく。