1967年の誕生以来、老若男女を問わず日本中で愛されてきた「ルパン三世」。時々ドジも踏むけれど誰よりもカッコよく、常に笑いとお色気を忘れない世界一の大泥棒。そのルパン三世が初めてスクリーンに殴り込みをかけた記念すべき劇場版第１作が、「ルパン三世　ルパンVS複製人間（クローン）」だ。公開から35年以上を経た今もなおファンから愛されている。

ルパンの敵は、自らを「神」と呼ぶ男・マモー。エジプトのピラミッドに眠っていた永遠の生命を司る“賢者の石”を手に入れようと画策していた彼は、ひと足先に石を盗み出していたルパンのもとへ、永遠の美と若さに憧れる不二子を派遣するが…。自らの身体をクローン技術で複製することで１万年も生き続けてきたマモーの魔の手から、ルパンは愛する不二子を、そして世界を守ることができるのか？

いつか必ずやってくる“世界滅亡の日”。その日を恐れる余り、核の力を楯に自ら“神”となってすべての生命を支配しようとするマモー。ナポレオンやヒトラーなど世界中の歴史的な人物をクローンとして再生してきた彼は、世界で最も才能ある泥棒、ルパンの遺伝子も狙っていた。しかしルパンの深層心理を覗き見た彼は、大きな憧れと恐怖にさいなまれることになる。永遠の命を手に入れることと、その瞬間瞬間を本能の赴くままに生きることのどちらが幸せなのか。マモーによってルパンが十字架に張り付けられたようにも見える拷問シーンは、日本映画史に残る名場面として見る者の心にグイグイと迫ってくる。

東西冷戦や遺伝子操作などの社会派のテーマを背景に、ルパンたちの友情もしっかりと描きつつ、コメディとお色気の要素もたっぷりと振りまく贅沢すぎるストーリーは格別！もちろんアクションも見どころ満点だ！　冒頭でルパンたちがピラミッドから脱出する際に見せるバイクでの綱渡り。パリの地上と地下で繰り広げられる車VSヘリのチェイスシーン。ルパンシリーズではお馴染みの細い山道を疾走する恐怖の巨大トレーラー。カリブ海とは思えない荒海をバックに、マモーの手下と白熱の一騎打ちを繰り広げる五右ェ門。そしてクライマックスのルパンとマモーの死闘まで。息をつく暇もないほどの仕掛けに溢れた、超絶エンターテインメントなのだ。

ルパンのスクリーンデビューに駆けつけた声優陣にも注目。薄気味悪いマモーを熱演するのは、「赤い殺意」や「水戸黄門」でおなじみの名優、西村晃。また、エンディングテーマを担当した三波春夫、漫画家の赤塚不二夫や漫画原作者の梶原一騎もゲスト出演している。

ちなみに、「ルパン三世」史上最も人気のある五右ェ門の名ゼリフ「また、つまらぬものを斬ってしまった」の元となるセリフが、最初に使われたのはこの作品。さて、一体何を斬った時に五右ェ門がそのセリフを口にするのか!?　ネタを知っているオールドファンはもちろん、若いルパンファンもシッカリと耳を澄ませてお楽しみください！

ルパン三世（山田康雄）が処刑された。しかし、その事実がどうしても信じられず、ルパンの遺体の確認に向かった銭形（納谷悟朗）の前に、ルパン本人が現れる。宿敵であるはずのルパンの生還を喜びそうになる銭形だが、その直後、ルパンはエジプトのピラミッドに忍び込み、次元（小林清志）や五右ェ門（井上真樹夫）と一緒に“賢者の石”を盗み出していった。

石を狙う謎の男・マモー（西村晃）から永遠の美を約束された不二子（増山江威子）は、ルパンのアジトへ。計画通りにお宝を奪って逃げだそうとするが、ルパンがそう簡単に不二子に騙されるはずもなく…。お陰でマモーから地獄の果てまで追われるハメになるルパンたち。そしてすべてを失った彼らの前に、ボロボロになった不二子が現れた。散々な目に遭いながらも不二子を信じようとするルパンに愛想を尽かせた次元と五右ェ門は、ルパンの前を去って行った。しかしルパンは結局不二子の裏切りに遭い、マモーに連れ去られてしまう。

一方、単独行動中の次元と五右ェ門はアメリカ軍から監禁されるハメに。マモーは自らの野望のためにアメリカやソ連をはじめとする世界中の政府を敵に回しているらしい。このままではルパンが危ない！　不二子が残したヒントを手掛かりに、マモーの城があるカリブ海の島へ向かう次元と五右ェ門。そんな２人を追って、銭形もマモーの待つ島へと向かっていた。

その頃、マモーの城を探検していたルパンが目にしていたのは、衝撃の光景だった！　マモーの真の目的を知ったルパンは、反撃に出ようとするのだが!?　世界中を巻き込んだ巨大な陰謀に足を踏み入れてしまったルパン一味と銭形。彼らの戦いの果てに待っているものとは!?