配座エントロピーとは?

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配座エントロピー

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2020/06/01 02:29 UTC 版)

配座エントロピー(はいざエントロピー、: conformational entropy)は、分子の配座(コンホメーション)の数に関連するエントロピーである。この概念は、タンパク質DNAといった生体高分子に最も一般的に適用されるが、多糖やその他の分子に対しても用いられる。配座エントロピーを計算するためには、まず分子の可能な配座を有限な状態数へと離散化する。状態数は通常、任意の構造パラメータの固有の組合せによって特徴付けられ、それぞれにエネルギーが割り当てられる。タンパク質では、主鎖の二面角および側鎖の回転異性体がパラメータとして一般的に用いられ、RNAでは塩基対パターンが用いられる。これらの特徴が(可能な微視的状態の統計力学的意味での)自由度を定義するために用いられる。αヘリックスや折り畳み、非折り畳み構造といった特定の構造(状態)に関連する配座エントロピーは、次にその構造の確率あるいは占有率によって決まる。


  1. ^ Doig AJ, Sternberg MJE (1995). “Side-chain conformational entropy in protein folding”. Protein Science 4: 2247-2251. doi:10.1002/pro.5560041101. PMC: 2143028. PMID 8563620. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2143028/. 
  2. ^ Zhang J, Liu JS (2006). “On Side-Chain Conformational Entropy of Proteins”. PLoS Comput. Biol. 2 (12): e168. doi:10.1371/journal.pcbi.0020168. 
  3. ^ a b Pickett SD, Sternberg MJ (1993). “Empirical scale of side-chain conformational entropy in protein folding”. J. Mol. Biol. 231 (3): 825-839. doi:10.1006/jmbi.1993.1329. PMID 8515453. 
  4. ^ Watanabe K., Masuda T., Ohashi H., Mihara H. & Suzuki Y. (1994). “Multiple proline substitutions cumulatively thermostabilize Bacillus cereus ATCC7064 oligo-1,6-glucosidase. Irrefragable proof supporting the proline rule”. Eur. J. Biochem. 226: 277-283. doi:10.1111/j.1432-1033.1994.tb20051.x. PMID 8001545. 


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