いまの姿は小学1年生。だが、その正体は高校生名探偵“工藤新一”。黒の組織の開発した毒薬によって子供の姿に戻されてしまうが、変わらぬ頭脳と阿笠博士の開発した探偵グッズによって難事件を次々と解決していく。好きな食べ物はレモンパイ。誕生日は5月4日。運動神経は抜群でサッカーは得意だが、音痴。メガネは変装用で目は悪くない。幼なじみの毛利蘭を見守っている。

帝丹高校2年生。卓越した推理力を持つ高校生探偵。「平成のホームズ」の異名をもつ。サッカーの腕前はプロ級。幼なじみの蘭とは相思相愛の仲なのだが告白できないままコナンにされてしまった為、元に戻ったら告白しようと思っている。

工藤新一の幼なじみで同級生の女の子。現在は父小五郎とコナンと3人で暮らしているが、コナンの正体が新一とは知らない。性格は優しくて、明るく活発。高校では空手部のキャプテンを務め、都大会で優勝するほどの腕前。難事件を解決するためという理由でいなくなった新一を心配し、帰ってくることを心待ちにしている。

米花町に事務所を開いているお調子者の探偵。蘭の父親で別居中の妻（妃英理）がいる。コナンの正体である工藤新一のことは娘の幼なじみとしてよく知っているが、自分がコナンに眠らされている間に難事件を解決しているとは全く気付いていない。そのおかげで通称「眠りの小五郎」と呼ばれている。アイドル沖野ヨーコの大ファン。

蘭の同級生で大親友。鈴木財閥のお嬢様でとにかく流行ものとブランド物が好き。好奇心が強く、小五郎と張り合うくらい調子がいいので、まったくお嬢様っぽく見えない。京極真とは恋人関係にある。

警視庁刑事部捜査第一課強行犯捜査三係の警部で小五郎の刑事時代の上司。新一の推理力を高く評価しており、難事件が起こる度にアドバイスをもらっている。茶色のコートと帽子がトレードマークでお腹が出ている中年太りの体型から同期の中森警部からは「目暮のタヌキ」と呼ばれている。

本名：阿笠博士（あがさひろし）。自称天才発明家でコナンの正体を知る数少ない存在。コナンの良き理解者であり、頼りになる協力者。コナンの探偵グッズの数々は阿笠博士の発明品である。おじいさんのような外見だがまだ52歳。面倒見がよく、現在は灰原哀と同居中。愛車はビートル。