一方、いざ開通すると、施設やサービスの使いづらさ、予想以上の利用者による混雑など新たな問題点も。さらなる混雑が見込まれる大型連休に向け、関係者は対応に大わらわだ。
新幹線定期券は、上越妙高駅をまたいで購入できない。ＪＲ東日本と西日本の管轄が駅を境に分かれるからだ。両社は「在来線特急定期券の利用実績から、エリアをまたぐ需要は多くないと判断した」と説明する。だが、沿線各地は新幹線通勤も念頭に企業進出を呼び掛けており、今後要望が強まる可能性はある。
富山駅では、新幹線を降りると駅北口に直接出られない問題が判明した。駅の並行在来線部分が第三セクター「あいの風とやま鉄道」に移行し、ＪＲ乗車券では通り抜けられなくなったためだ。南口に出て地下通路を経れば行けるが、「分かりにくい」と、戸惑う利用客が数多く見られた。
とやま鉄道ホームを全て高架化し地上階で南北に通り抜けられるようにする計画はあるが、完成は数年先。とやま鉄道は急（きゅう）遽（きょ）、新幹線乗客に無料の通行券を発行し、北口へ出られるよう対応すると決めた。