Scopとは何？わかりやすく解説 Weblio辞書

ＳＣＯＰ

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団体名称

ＳＣＯＰ

所轄庁

長野県

主たる事務所の所在地

松本市中央二丁目３番 17号知新堂ビル３階Ａ

従たる事務所の所在地

代表者氏名

鷲見　真一

法人設立認証年月日

2003/07/29

定款に記載された目的

この法人の活動目的は、その事業を通じ、活性化のための活動を自律的に行える地域の実現を目指すことである。
２　当法人は、本条第１項に掲げる地域を実現するために、大学をはじめとする研究機関等が保有する知的資源の地域における共有と活用を図ることにより、知の環流をおこす役割を持つ。
３　当法人は、本条第１項に挙げた目的を達成するため、優秀な人材が集い、交流し、常に創造的な活動ができる法人として存在することをその目標とする。
４　当法人の職員は、本条第１項に掲げた目的を達成し、同第２項に掲げたミッションを果たすため、自らが高い専門性をもち且つ広い視野で地域課題を捉え、個々人が常に自らの役割を理解し、自律性をもって自らの義務を果たすことをその責務とする。

活動分野

保健・医療・福祉	社会教育	まちづくり
観光	農山漁村・中山間地域	学術・文化・芸術・スポーツ
環境の保全	災害救援	地域安全
人権・平和	国際協力	男女共同参画社会
子どもの健全育成	情報化社会	科学技術の振興
経済活動の活性化	職業能力・雇用機会	消費者の保護
連絡・助言・援助	条例指定

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タンパク質立体構造分類データベース

(Scop から転送)

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2024/04/07 21:08 UTC 版)

タンパク質立体構造分類データベース（タンパクしつりったいこうぞうデータベース、英: Structural Classification of Proteins (SCOP) database）は、タンパク質の構造ドメインを、その構造とアミノ酸配列の類似性に基づいて、主に手作業で分類したものである。この分類の動機は、タンパク質間の進化的関係を決定することである。同じ形状をしていても、配列や機能の類似性がほとんどないタンパク質は、異なるスーパーファミリーに分類され、非常に遠い共通の祖先を持っていると想定される。同じ形状で、配列や機能がある程度類似しているタンパク質は「ファミリー」に分類され、より近い共通の祖先を持っていると見なされる。

脚注

^ ^a ^b Andreeva A, Howorth D, Chandonia JM, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (January 2008). “Data growth and its impact on the SCOP database: new developments”. Nucleic Acids Research 36 (Database issue): D419-25. doi:10.1093/nar/gkm993. PMC 2238974. PMID 18000004.
^ ^a ^b Chandonia JM, Fox NK, Brenner SE (January 2019). “SCOPe: classification of large macromolecular structures in the structural classification of proteins-extended database”. Nucleic Acids Research 47 (D1): D475–D481. doi:10.1093/nar/gky1134. PMC 6323910. PMID 30500919.
^ Murzin AG, Brenner SE, Hubbard T, Chothia C (April 1995). “SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures”. Journal of Molecular Biology 247 (4): 536–40. doi:10.1006/jmbi.1995.0159. PMID 7723011.
^ Hubbard TJ, Ailey B, Brenner SE, Murzin AG, Chothia C (January 1999). “SCOP: a Structural Classification of Proteins database”. Nucleic Acids Research 27 (1): 254–6. doi:10.1093/nar/27.1.254. PMC 148149. PMID 9847194.
^ Lo Conte L, Ailey B, Hubbard TJ, Brenner SE, Murzin AG, Chothia C (January 2000). “SCOP: a structural classification of proteins database”. Nucleic Acids Research 28 (1): 257–9. doi:10.1093/nar/28.1.257. PMC 102479. PMID 10592240.
^ Andreeva A, Howorth D, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (January 2004). “SCOP database in 2004: refinements integrate structure and sequence family data”. Nucleic Acids Research 32 (Database issue): D226-9. doi:10.1093/nar/gkh039. PMC 308773. PMID 14681400.
^ ^a ^b Andreeva A, Kulesha E, Gough J, Murzin AG (January 2020). “SCOP database in 2020: : expanded classification of representative family and superfamily domains of known protein structures”. Nucleic Acids Research 48 (Database issue): D376–D382. doi:10.1093/nar/gkz1064. PMC 7139981. PMID 31724711.
^ ^a ^b “SCOP: Structural Classification of Proteins. 1.75 release (June 2009)”. scop.mrc-lmb.cam.ac.uk. 2021年5月3日閲覧。
^ Murzin AG, Brenner SE, Hubbard T, Chothia C (April 1995). “SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures”. Journal of Molecular Biology 247 (4): 536–40. doi:10.1016/S0022-2836(05)80134-2. PMID 7723011. オリジナルの2012-04-26時点におけるアーカイブ。.
^ PDB: 2DN1; Park SY, Yokoyama T, Shibayama N, Shiro Y, Tame JR (July 2006). “1.25 A resolution crystal structures of human haemoglobin in the oxy, deoxy and carbonmonoxy forms”. Journal of Molecular Biology 360 (3): 690–701. doi:10.1016/j.jmb.2006.05.036. PMID 16765986.
^ Lo Conte L, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (January 2002). “SCOP database in 2002: refinements accommodate structural genomics”. Nucleic Acids Research 30 (1): 264–7. doi:10.1093/nar/30.1.264. PMC 99154. PMID 11752311.
^ “What is the relationship between SCOP, SCOPe, and SCOP2”. scop.berkeley.edu. 2015年8月22日閲覧。
^ Andreeva A, Howorth D, Chothia C, Kulesha E, Murzin AG (January 2014). “SCOP2 prototype: a new approach to protein structure mining.”. Nucleic Acids Research 42 (Database issue): D310-4. doi:10.1093/nar/gkt1242. PMC 3964979. PMID 24293656.
^ Cheng H, Schaeffer RD, Liao Y, Kinch LN, Pei J, Shi S, Kim BH, Grishin NV (December 2014). “ECOD: an evolutionary classification of protein domains”. PLOS Computational Biology 10 (12): e1003926. Bibcode: 2014PLSCB..10E3926C. doi:10.1371/journal.pcbi.1003926. PMC 4256011. PMID 25474468.
^ “Evolutionary Classification of Protein Domains”. prodata.swmed.edu. 2019年5月18日閲覧。
^ El-Gebali S, Mistry J, Bateman A, Eddy SR, Luciani A, Potter SC, Qureshi M, Richardson LJ, Salazar GA, Smart A, Sonnhammer EL, Hirsh L, Paladin L, Piovesan D, Tosatto SC, Finn RD (January 2019). “The Pfam protein families database in 2019”. Nucleic Acids Research 47 (D1): D427–D432. doi:10.1093/nar/gky995. PMC 6324024. PMID 30357350.

[続きの解説]

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出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/05/04 07:15 UTC 版)

「タンパク質構造データベース」の記事における「SCOP」の解説

タンパク質立体構造分類データベース（Structural Classification of Proteins）は、構造がわかっているすべてのタンパク質間の構造的および進化的な関係を詳細かつ包括的に説明する。

※この「SCOP」の解説は、「タンパク質構造データベース」の解説の一部です。
「SCOP」を含む「タンパク質構造データベース」の記事については、「タンパク質構造データベース」の概要を参照ください。

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